Городская управа в связи с создавшимся положением вынуждена была принять решение: «Углубить канал до трех аршин от ординара». В протоколе заседания отмечалось, что «Крюков канал имеет протяженность более одной версты, ширину десять саженей и соединяет реку Фонтанку с рекой Мойкой, вытекая из последней. Канал имеет судоходное значение и является своеобразной перемычкой между этими двумя судоходными столичными реками. Обмеление Крюкова канала, принимающего в себя городские стоки, при слабом его течении, представляется также вредным в санитарном отношении. Произведенные промеры канала показали, что для углубления его на семь футов от ординара потребуется вынуть грунта до 2256 кубических саженей. Стоимость подобных работ составит 22 567 рублей 80 копеек. До настоящего времени, с 1866 года, очистка Крюкова канала не производилась. За этот период чистилось русло канала только под мостами (до трех футов ниже ординара).
В заключение Городская управа посчитала необходимым в 1888 году провести очистку Крюкова канала и работу по углублению его русла как для улучшения по нему судоходства, так и для нормализации его санитарного состояния. Ассигнования на очистные работы Крюкова канала (выемка 2256 кубических саженей грунта до глубины 7 футов) составят 22 567 рублей».
На заседаниях Санкт-Петербургской Городской думы неоднократно обсуждались вопросы о капитальном ремонте набережной Крюкова канала.
15 июня 1907 года на своем заседании Дума повторно приняла решение о капитальном ремонте набережной канала между Фонтанкой и Садовой улицей и почти полной переделке гранитной облицовки этого участка набережной исторического водоема.
Подряды на проведение ремонтных и очистных работ набережных и русел городских каналов, как правило, всегда выставлялись на торги. Этот процесс нередко включал механизм коррупции, казнокрадства и взяточничества в среде муниципальных чиновников и потенциальных подрядчиков, желающих заполучить выгодный денежный подряд. Зачастую в подобных случаях подрядные работы доставались малоопытным и технически безграмотным «предпринимателям», не способным обеспечить надлежащее качество работ.
В 1911 году в № 8 журнала «Домовладение и городское хозяйство» вышла статья под названием «Дело о Крюковом канале», своеобразный отчет об одном из судебных разбирательств мошенничества при выполнении подряда по ремонту набережной Крюкова канала. В публикации говорилось, что «в особом присутствии судебной палаты, с участием сословных представителей 8 февраля 1911 года слушалось дело городских архитекторов Е. П. Вейнберга, Ф. А. Корзухина и старшего техника Управы – инженера М. Ф. Андерсина. Дело возникло еще 4–5 лет тому назад по поводу нашумевшей истории с ремонтом набережной Крюкова канала, раскрытой членом городской Ревизионной комиссии Елизаровым.