Церковный народ хотел открывать на свои средства бесплатные столовые для голодающих, закупать провизию с иностранных пароходов. И, конечно, участвовать в распределении изъятых из церковной копилки средств. Но Ленин не хотел допустить церковной благотворительности. Вождь мирового пролетариата вполне откровенно писал о реальной направленности кампании в тайном письме Молотову 19 марта 1922 года: «Мы должны именно теперь дать самое решительное и беспощадное сражение черносотенному духовенству и подавить его сопротивление с такой жестокостью, чтобы они не забыли этого в течение нескольких десятилетий». Ленин подчеркивал: «Чем большее число представителей реакционной буржуазии и реакционного духовенства удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше. Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать». В Москве, Петрограде, Шуе, Иваново-Вознесенске, Смоленске, Старой Руссе состоялись судебные процессы с последующими массовыми расстрелами духовенства и других «участников сопротивления изъятию ценностей». В Петрограде – 80 обвиняемых и 4 смертных приговора, в том числе митрополиту Вениамину (Казанскому); в Москве – 154 обвиняемых, 11 смертных приговоров.
Всего за этот период было осуждено свыше 10 000 человек, из них 2000 – расстреляны.
Вместе с этим российскому православию угрожала и другая опасность – раскол. Весной 1922 года, в самый разгар изъятия ценностей, заявила о себе группа, именовавшая себя «Живая Церковь» и претендовавшая на всю полноту церковной власти. Решающую роль в ее создании играло ОГПУ – специальная служба советского режима. Обновленцы (так стали называть раскольников) появились как проект властей и в этом качестве стали восприниматься большинством верующего народа. Существует ошибочное представление, что стержнем «обновленчества» является церковная модернизация. Действительно, в среде раскольников было немало людей, высказывавшихся за церковные реформы. Но оказалось среди них и немало консерваторов, эти самые реформы заморозивших. Вопрос упирался не в реформы, а в политику. Альтернативное православие приветствовало Октябрьский переворот и прославляло власть «рабочих и крестьян» (а фактически корпорацию партийно-чекистской номенклатуры). Оно готово было на любые санкционированные властями кадровые изменения в своей структуре. Любопытно, что политическая философия обновленчества была в послевоенное время воспринята руководством РПЦ МП. Впрочем, еще раньше, с Декларации митрополита Сергия (Страгородского) в 1927 году, кадровая политика полностью оказалась в руках ОГПУ. Так советское правительство наглядно продемонстрировало отделение Церкви от государства.