Епископ Лука устроился на частной квартире, к знакомым медикам не пошел, дважды встретился с патриархом Тихоном в его резиденции в Донском монастыре, один раз служил с ним Божественную литургию в храме Вознесения в Кадашах. Интересно, что Святейший подтвердил право Луки заниматься медициной. В это время в Москве находилось около пятидесяти владык, высланных с мест, вышедших из тюрем, вновь поставленных и опасающихся выезжать из-за репрессий. Ясенецкий-Войно стал одним из тех, кто «сидел на чемодане», но Тучков мириться с такой ситуацией не стал и принял меры к устранению самой возможности возвращения профессора-епископа в Ташкент.
После вторичной явки в ОГПУ святителя арестовали и отправили в Бутырскую тюрьму, где он просидел около двух месяцев. Здесь появились первые признаки серьезной сердечной болезни – миокардита. В тюремной больнице Ясенецкий-Войно впервые встретился с митрополитом Арсением (Стадницким), одним из трех кандидатов на патриарший престол, богословом и блестящим проповедником. В дальнейшем их судьбы пересеклись в Ташкенте, где знаменитый на всю Россию митрополит занял Ташкентскую и Туркестанскую кафедру. В тюремной библиотеке епископу Луке удалось получить Новый Завет на немецком языке, и он усердно вчитывался в Писание.
Через некоторое время его перевели в Таганскую тюрьму. Заключенные этой тюрьмы получили небольшие тулупчики от Е.П. Пешковой, жены Максима Горького. Она возглавляла Политический Красный Крест, организацию, оказывающую помощь жертвам политических репрессий в СССР. Однажды, проходя в туалет по длинному коридору, Ясенецкий-Войно увидел через решетчатую дверь пустой одиночной камеры дрожащего подростка и, сжалившись над ним, отдал ему свой полушубок. Это произвело огромное впечатление на старика-рецидивиста, который предводительствовал среди уголовников. И каждый раз, когда архиерей проходил мимо камеры уголовников, он очень любезно приветствовал его и называл его «батюшкой» (3).
В начале зимы 1923 года епископ Лука отправился в первую в своей жизни ссылку, которая продолжалась три долгих года. Дорога до места отбытия наказания оказалась непростой. Так, в Новосибирске, где была остановка, ссыльных в тюрьме посадили в одну камеру с уголовниками. Шпана встретила владыку враждебно, и он стал стучаться в двери, просил отвести его в туалет. А когда вышел, заявил надзирателю, что ни в коем случае не вернется в камеру (4).