По воскресеньям и праздникам епископ Лука служит в храме. Обычно молится вместе с митрополитом Арсением в алтаре Сергиевской церкви. У церковного народа он пользуется большим уважением. К нему обращаются не только за благословением, но и за разрешением семейных и бытовых конфликтов.
Между тем обстановка в стране кардинально изменилась. Наступили годы коллективизации, неотделимые от антирелигиозной истерии. В этой ситуации продолжение обыденной религиозной жизни становилось подвигом. Городские власти косо смотрели на популярного епископа-врача. С 1929 года они стали искать случай, чтобы упрятать Войно-Ясенецкого за решетку. Весной 1930 года стало известно, что Сергиевская церковь тоже будет разрушена. Отслужив в ней литургию 6 мая 1930 года, владыка почувствовал, что в этот день его арестуют. И вечером его действительно арестовали. Формальным поводом для обвинения епископа послужила записка, данная им жене профессора Михайловского, в которой Лука писал, что «профессор Михайловский покончил жизнь самоубийством в состоянии несомненной душевной болезни, которой он страдал более двух лет». Записка эта была дана для того, чтобы можно было отпеть покойного. Однако следователь попытался придать делу политический окрас. По его мнению, церковники убили ученого, который делал потрясающие опыты по переливанию крови, в результате которых человек может обрести бессмертие. Это подрывало основы веры. Поэтому-то и было совершено преступление. Полный абсурд, доказать который просто невозможно. Но кто тогда нуждался в доказательствах?
Советская пресса подхватила байку следователя. И вот появляются статьи, фельетоны и даже пьеса Константина Тренева «Опыт», посвященные как раз делу Михайловского. В центре внимания известного драматурга – героический образ крупного советского ученого, смелого инициатора, труженика науки Соболева, которому мракобесы вставляют палки в колеса. Так епископ Лука в глазах советской общественности становится врагом науки (9).
После первой ссылки здоровье у Войно-Ясенецкого было сильно подорвано. В переполненной камере, после первого допроса, он теряет сознание, нарастает сердечная недостаточность. Год провел Войно-Ясенецкий в тюремных камерах, лишенный книг, передач с воли, свиданий с близкими.
На допросах епископ убедился, что от него хотят добиться отречения от сана. Власти готовы были дать ему зеленый свет как профессору медицины, но в обмен на это требовали душу. В антирелигиозной кампании 1930-х годов большевики нередко принуждали священнослужителей к публичным заявлениям о снятии сана. При этом они обещали, что восстановят их гражданские права и предоставят работу.