При легализации структур Московского патриархата многие вещи не оговаривались. И реальное положение дел выяснялось в обстоятельствах жизни. За годы террора идеологические работники и помыслить не могли, что «попы» могут что-то предпринимать без их ведома. Непокорных просто репрессировали. И вот, в точке бифуркации, некоторая независимость епископата в принятии решений натолкнулась на стремление советской власти подмять все под себя.
«Церковный проект» Луки подразумевал определенную инициативу правящего епископа без оглядки на мнение властей предержащих. Лука, по доносу о. Иоанна (Леоферова), начал выдавать справки такого содержания: «Священник NN находится со мною в каноническом общении. В священнослужении не запрещен и пользуется всеми правами священнослужения». Лука считал, что такой справки вполне достаточно для того, чтобы священник мог начинать служить и, в случае чего, предъявить ее сельсовету или райисполкому (25). Вскоре, однако, выяснилось, что такой справки недостаточно. И чтобы священник служил и совершал требы на территории своего прихода, нужна регистрация уполномоченного.
С регистрацией священников сразу начались проблемы. Так, в 1944 году уполномоченный отклонил регистрацию свящ. Добронравова, «как реакционера», а также отказался давать регистрацию священникам для проведения треб, так как СДРПЦ «запретил проведение обрядов, если в районе нет молитвенного дома» (26). Луке пришлось приложить немало усилий для того, чтобы о. Илья Добронравов все-таки вошел в клир Покровского собора.
И в дальнейшем святитель имел серьезные трудности в проведении нужной Церкви кадровой политики. Он чувствовал себя в епархии не вполне хозяином. Когда, например, решил отправить за штат, о. Богоявленского, то вынужден был звонить в Московскую патриархию и запрашивать телефонное подтверждение правильности увольнения священника. Лука уволил Богоявленского «за небратолюбие и корыстолюбие»: в течение нескольких месяцев службы в Моршанске тот купил себе дом и двух коров. Настоящее богатство по тем временам. Свое неподчинение указу Богоявленский объяснял тем, что его назначила на должность Московская патриархия. Ясно, что при этом он опирался на молчаливую поддержку тамбовского уполномоченного, который хотел совершенно подмять под себя архипастыря.