В Таганроге Н. Кукольник занимался литературной и общественной деятельность. Он не успел или не смог опубликовать несколько законченных произведений: три повести («Мориц Саксонский», «Ольгин яр», «Крепостной художник»), роман «Иоанн III, собиратель земли русской», появившиеся в печати посмертно, и пьесу «Гоф-юнкер», запрещенную к печати в 1864 году. (Изображение в «Гоф-юнкере» продажности и произвола придворной клики в одном из мелких немецких государств было не чем иным, как замаскированной критикой русской придворной аристократии). Рукописи Кукольника хранятся в Пушкинском доме.
Н. Кукольник являлся разработчиком нескольких важных, но, к сожалению, слишком передовых для своего времени проектов. Поэтому они либо были осуществлены после его смерти, либо так и не были реализованы. Например, обоснование строительства железной дороги Харьков-Горловка-Иловайское-Таганрог (она получила название Харьково-Азовской. Проект этот был осуществлён уже после его смерти); расширение угледобывающей промышленности (то, что была основана Юзовка и возник западный (украинский) Донбасс большая заслуга Н. Кукольника). Огромен вклад Н. Кукольника в проект экологической защиты Азовского моря, открытия окружного суда в Таганроге.
Под Таганрогом, в своём имении в Дубках, в 1868 году Нестор Васильевич Кукольник скончался, полузабытый литературными кругами. В 1930-х годах могилу Кукольника осквернили местные жители, думая, что там зарыты сокровища. Могила осталась разрытой и заросла сорняками. Прах поэта безвозвратно утрачен. Последние уцелевшие дома имения были снесены по решению Таганрогского горисполкома в 1968 году, а на этом месте построили производственный цех.
Замечательно, что в наши дни память о поэте, писателе, общественном деятеле, посвятившем жизнь служению Отечеству, возрождается. Конечно, утраченного не вернуть. Но в наших силах воскресить любовь и уважение к славному патриоту.
В 1995 году митрополит Ростовский и Новочеркасский Владимир занёс раба божьего Нестора Кукольника в поминальный Синодик на вечное поминовение. Ритуал этот совершается в Никольской церкви Таганрога.
В марте 1996 года городская Дума Таганрога приняла решение об установлении на сохранившемся до наших дней доме Кукольника, где располагался окружной суд, мемориальной доски.