Став архимандритом Киево-Печерского монастыря, Могила тут же столкнулся с давней проблемой разграбления и захвата монастырских владений соседствующей шляхтой. После Брестской унии 1596 года польские власти, как правило, оставались глухи к жалобам православных, и к концу 1620-х годов лавра утратила немалую часть своих владений таким образом. Предшествующие архимандриты прилагали усилия к тому, чтобы вернуть отнятые земли и возместить понесенные убытки путем обращения в суд, но, как правило, эти попытки оказывались обреченными на неудачу. Могила принялся за дело куда более энергично. Подав иск в суд, он далеко не всегда готов был ожидать законного решения, а вооружал монастырских слуг и отбирал захваченные владения у соседей силой. Тут ему могли пригодиться навыки, приобретенные на военной службе. Важно было и другое: ему, настоятелю и хозяину монастыря, молдавскому воеводичу, аристократу, наносили обиды «бессапожные дворяне», как презрительно называли мелкую шляхту польские магнаты. Такое не могло остаться безнаказанным, и Петр Могила лично вставал во главе организованных им отрядов. Подобные действия вряд ли могли прийти по вкусу соседям, которые, в свою очередь, подавали жалобы на воинственного архимандрита в суд и самому королю, живописно обрисовывая допущенные по отношению к ним беззакония[149]. Однако тактика Могилы быстро принесла плоды: Киево-Печерская лавра выиграла в суде сразу несколько дел о разграблении и захвате ее собственности, и нападения на ее владения стали редкостью.
Среди важных дел, предпринятых Петром Могилой уже в первые годы его пребывания на посту лаврского архимандрита, была реставрация зданий и помещений монастыря, утратившего часть своего великолепия как следствие серьезных финансовых проблем, с которыми ему пришлось столкнуться в конце ХVІ – начале ХVІІ века. В 1628 году Могила обратился к ряду влиятельных людей и организаций, таких, как русский царь Михаил Федорович Романов и Львовское православное братство, с просьбой о финансовой помощи на восстановление православной святыни. Вскоре в лавру стали поступать значительные пожертвования. В том же году Могила за собственные деньги выкупил драгоценную церковную утварь и священнические облачения, заложенные его предшественниками[150].
В начале ХVІІ столетия престиж православной церкви в Польско-Литовском государстве был очень низок. И католики, и протестанты жестоко насмехались над ее суеверием, позорно низким уровнем образования священников и недостатком унификации в вопросах догматики, богослужебной и канонической практики и организации церкви. Именно этим фундаментальным вопросам духовной сферы Петр Могила посвятил свою почти двадцатилетнюю деятельность в качестве лаврского архимандрита, а впоследствии – Киевского и Галицкого митрополита. В своей книге записей он взывал к Богу одним из своих молебнов: «Раны, заушения, оплевания и поносная уничижения церкви… от волков хищных ныне возмущенную и от безбожных отступник гонимую, тую ныне от сих злодейства избави и воскре и умири – молитимся, Господи, услыши и помилуй»