Преодолевая болезнь, адмирал по-прежнему старался действовать энергично. Однако на третий день болезни врачи признали состояние здоровья адмирала опасным; 7 мая 1915 года командующий Балтийским флотом Николай Оттович фон Эссен испустил последний вздох. Новым командующим стал вице-адмирал Василий Александрович Канин, бывший начальник минной обороны.
В конце июня 1915 года положение русских войск в Прибалтике после временных успехов вновь осложнилось. Германская армия перешла в наступление, быстро захватила Курляндию, вышла к побережью Рижского залива на участке от Ирбенского пролива до мыса Рагацем и приблизилась к Западной Двине юго-западнее Риги. На левом берегу реки образовался выступ фронта, глубоко вклинивавшийся вдоль Рижского взморья в расположение германских войск. Русская армия оказалась отброшенной германцами к Риге. Ставкой Верховного Главнокомандующего командованию Балтийского флота было приказано обеспечить оборону Рижского залива. В открытом море задачи флота по-прежнему оставались весьма ограниченными.
Непосредственно на приморском фланге Рижского взморья дислоцировались малочисленные войсковые части, сведенные под командованием полковника Павлищева в так называемый Шлокский отряд (по названию местечка Шлока на взморье). Из артиллерии отряд располагал лишь несколькими легкими батареями. Для поддержки отряда в Рижский залив «откомандировали» «Корейца» (командир капитан 2-го ранга Иван Константинович Федяевский) и «Сивуч» (командир капитан 2-го ранга Петр Нилович Черкасов). Обе лодки прибыли в Усть-Двинск 8 июля 1915 года.
Решением вице-адмирала Канина их передали в оперативное подчинение капитану 2-го ранга Алексею Васильевичу Стеценко, отвечавшему за взаимодействие кораблей с сухопутными частями Рижского укрепленного района. Из-за противодействия сил обороны Рижского залива германская операция затянулась. Так, в ночь на 4 августа 1915 года у Михайловского маяка эсминец «Новик» вступил в бой с германскими эсминцами «V-99» и «V-100». Через 17 мин «V-99», подорвавшись на мине, выбросился на берег, где его затем взорвала команда. Другому вражескому крейсеру, получившему повреждения, удалось уйти.
В январе 1916 года вице-адмирал Канин получил от командования более широкие полномочия. Теперь он мог по своему усмотрению использовать новые линейные корабли и проводить неограниченные операции. Ставка ждала, что, как и при Эссене, Балтийский флот будет проявлять инициативу, однако этим надеждам не суждено было сбыться. 6 сентября 1916 года начальник Морского генерального штаба адмирал Русин представил Николаю II как Верховному главнокомандующему доклад о состоянии Балтийского флота: «Стратегическая обстановка на балтийском морском театре, определившаяся в течение 1915 года и сохраняющаяся в главнейших своих основаниях и поныне, создает для боевой деятельности нашего флота Балтийского моря крайне трудные и тяжелые условия. Несоразмерность наших материальных сил и средств с таковыми же противника передает инициативу широких морских операций в руки неприятеля и требует от нашего флота, при всякой попытке, так или иначе взять инициативу в свои руки, самого полного напряжения, высокого боевого духа и исключительной подготовленности во всех отраслях военно-морского дела… Эти обстоятельства и вытекающие из них боевые требования к флоту властно указывают на необходимость иметь и надлежащее командование флотом, обладающее исключительной волей, решимостью и проявлением широкой инициативы стратегического замысла. Только при этих условиях, требуемых исключительной по трудности обстановкой, создавшейся на театре, возможно ожидать надлежащего парирования боевых операций противника доблестным личным составом нашего Балтийского флота, высоко подготовленного многолетними трудами покойного адмирала Эссена, явившего за свое почти годовое командование флотом на войне образец тех исключительных качеств, кои необходимы командованию Балтийским флотом при столь серьезной обстановке… Между тем настоящее командование флотом Балтийского моря не обладает, к сожалению, этими необходимыми качествами, что особенно подтвердилось в итоге летней кампании 1916 года, протекавшей при довольно благоприятной для нас обстановке». Государь согласился с докладом Русина, но воздержался от его разглашения даже среди высших чинов Ставки. В тот же день Канин был отстранен от командования Балтийским флотом, став членом Государственного совета, а на его место был назначен произведенный в вице-адмиралы Андриан Иванович Непенин, на долю которого выпало лишь полгода командования Балтийским флотом.