Кроме воспоминаний о щедро проливаемой Анненковым крови красных в годы Гражданской войны, особая пристрастность ГПУ к этому атаману объяснялась тем, что в китайской эмиграции Анненков стал главным борцом с течением «возвращенцев», клюнувших на советские обещания амнистии. Анненков притворно прощался с пожелавшими вернуться на советскую территорию своими подчиненными, после чего его верные казаки из засады расстреливали двинувшихся к советским границам для острастки других, решивших примириться с большевизмом. На перевале Карагач у китайско-советской границы его люди устроили из пулеметов бойню целого каравана таких «возвращенцев» еще в 1920 году, практически сразу после ухода остатков армии Анненкова в пределы Китая. Наверняка в ГПУ и это учитывали в решении любой ценой обезвредить и захватить атамана Анненкова.
На советском суде Анненков отвергал обвинения в этих расправах в свой адрес, там же он отрицал многие ходившие о нем с Гражданской войны легенды, рисовавшие его облик совсем уж демоническими красками. Что он где-то при карательном рейде изнасиловал гимназистку, что любил носиться по казахским аулам на автомобиле, стараясь обязательно задавить какое-нибудь животное или туземного ребенка. Все это он отмел, заявив: «Я воевал, мне такой ерундой заниматься было некогда». Почему-то для окончательного припечатания Бориса Анненкова клеймом полусумасшедшего выродка на семипалатинском суде ему в вину ставили и привычку играть по ночам на гармошке, и что в своем Семиреченском казачьем войске завел при штабе целый зоопарк во главе с медведицей, словно любовь к музыке или страсть к животным тоже свидетельствовала в пользу образа «белого зверя».
В 1926 году на китайской территории Анненков с одним из своих приближенных заманен в ловушку чекистов при помощи союзных им местных китайских генералов, захвачен в гостинице китайского города Калган и вывезен в пределы Советского Союза. Операцию курировал лично глава КРО ГПУ Артузов, это была совместная акция чекистской разведки и контрразведки, а саму группу захвата на территории Китая возглавлял Примаков, действовавший здесь под китайским псевдонимом Лин. Сами обстоятельства захвата Анненкова и его заместителя полковника Денисова на китайской территории группой Примакова остаются туманными для историков. То ли их тайно арестовали некие просоветские китайцы и передали Примакову для вывоза через границу, то ли это сделали наемные китайские бандиты хунхузы, то ли сами чекисты выкрали их из номера гостиницы, но в любом случае Анненков и Денисов оказались незаконно похищены и доставлены в Советский Союз. Обычно «сдавшим» Анненкова советской разведке называют местного китайского царька Фэн Юйсяна, к которому Анненков со своими казаками прибыл наниматься на службу и который искал тогда сближения с Москвой, поскольку командовал здесь гоминьдановской Первой народно-революционной армией. Чекистская спецгруппа во главе с сотрудником ГПУ Лихаревым вроде бы вывезла Анненкова через Монголию и Кяхту в советские пределы, откуда его поездом этапировали в Москву. После долгого следствия Анненков предстал за прошлые грехи перед советским судом в Семипалатинске, что не удалось сделать с Дутовым, был приговорен к смертной казни и в 1927 году казнен в Новосибирске.