По одной из версий считается, что причиной его смерти стала сильнейшая простуда, которую он заполучил в катакомбах Рима при раскопках.
Согласно другой, призванный к Папе, Рафаэль поспешил в Ватикан и был очень разгорячен ходьбой.
Проведя два часа в холодной зале Ватикана Льва X, с которым он говорил о храме Св. Петра, Рафаэль, вернувшись домой, почувствовал озноб и слег.
Во время его болезни папа посылал по несколько раз в день узнавать о положении своего любимца.
Есть версия и о том, что Рафаэль умер от малярии, которая в те времена была нстоящим проклятием Рима.
Все дело было в том, что вокруг Рима находилось огромное количество болот, отчего воздух в городе был очень нехороший, особенно в летние месяцы, и все, кто мог, уезжали из Рима, начиная еще с весны.
Современник Рафаэля, венецианец, случайно гостивший тогда в Риме, оставил миру эти свидетельства того благоговейного почитания, каким был окружен Рафаэль.
За несколько дней до его смерти дрогнули стены папского дворца, угрожая падением, так что папа должен был временно переселиться в покои монсеньора Чибо.
Разрушение грозило как раз тем комнатам, которые были расписаны Рафаэлем, и народ приписал это чудесному предсказанию неба о близкой смерти божественного гения.
Венецианец закончил письмо просьбой предупредить знаменитого тогда в Венеции портретиста Катену: «Пусть приготовится к смерти – она угрожает теперь даровитейшим художникам».
Благородный характер гениального художника успел проявиться и в последние минуты его жизни. Перед принятием Святого Причастия Рафаэль написал завещание, в котором не забыл ни родных, ни друзей.
Прежде всего, он обеспечил, конечно, свою любимую и верную подругу; позаботился о тех из своих учеников, которым заменял отца. Дом подарил кардиналу Биббиене, а имущество оставил родным.
Известный искусствовед, Вазари, отмечал еще одну черту Рафаэля – его страсть к женщинам. И однозначно считал, что именно эта страсть и довела его до могилы.
По мнению Вазари, сексуальная невоздержанность Рафаэля послужила причиной его ранней смерти.
После очередной бурной ночи художник впал в лихорадочное состояние, и приглашенные врачи стали его лечить так, как было принято в те времена – с помощью обильного кровопускания, вместо того, чтобы дать укрепляющее.
Но и сексуальные потребности Форнарины были столь велики, что ни один мужчина уже не мог их удовлетворить. А Рафаэль к тому времени стал всё чаще жаловаться на здоровье и, в конце концов, слёг.