Вступление самозванца в Москву сопровождалось страшным преступлением, имевшим последствия для всей России, – убийством сына Бориса Годунова Феодора и его вдовы Марии. Сам царь Борис скоропостижно умер в апреле 1605 года, оставив наследником 16-летнего сына. Феодор Борисович был юноша способный, не испорченный, готовившийся к царскому служению и не имевший грехов своего отца. По личным своим качествам он был выше Михаила Романова, занявшего Московский престол восемь лет спустя. Но эти восемь лет были наполнены ужасами смутного времени. Верность народа могла бы избавить страну от полного разорения.
Феодор был уже объявлен царем, и москвичи принесли ему присягу. Вскоре подлая измена в войсках, перешедших на сторону самозванца под Кромами, резко изменила обстановку. Шествие вора к Москве превратилось в триумфальное шествие измены. Немногие верные присяге были схвачены и убиты предателями, например, доблестный Боровский воевода, убитый в храме возле раки мощей преподобного Пафнутия. Больше всех в угождении самозванцу старались те, кто еще недавно низкопоклонствовали перед Годуновым, – так рабские души мстили своему бывшему государю. На фоне всеобщей измены юный царь Феодор обнаружил присутствие духа, отказался от бегства и остался в Кремле. Самозванец объявил московским делегатам, что не войдет в Москву, пока живы Годуновы.
Царя Феодора убивали не в подвале ночью, а в Кремле среди бела дня, не евреи и не мадьяры, а свои московские стрельцы. Сначала у него на глазах задушили его мать Марию, затем вырвали у него половые органы и, наконец, задушили самого (см.: доцент Сумароков «История Русской Церкви», Харбин, 1944). Страстотерпец царь Феодор Борисович тоже не прославлен Русской Церковью, и его смерть не получила должной оценки у многих историков. А между тем это было именно цареубийство, подобное убийству царевича Димитрия, но при этом лица, уже вступившего на престол, которому принесли присягу и нарушили ее. Это убийство произошло в столице, а не в провинции, и не только не вызвало осуждения, но даже и сочувствия к его жертвам. Летописцы и позднейшие историки списывали эту смерть то на грехи Бориса, то на бесчинства самозванца.
Иначе смотрели на это перво святители Русской Церкви, патриарх Иов и патриарх Гермоген, которые после свержения самозванца (1606) установили особый пост с молением о прощении грехов клятвопреступления царям Борису и Феодору. Нарушение присяги царю Борису, а потом и Феодору Годуновым было началом грехопадения русского народа в первую смуту, а продолжением стало одобрение цареубийства и новая присяга уже самозванцу. Это был всенародный грех, повязавший всех круговой порукой и вызвавший гнев Божий. Эти события, как и ликование москвичей при встрече самозванца, ярко показывали черты сходства с картиной будущего воцарения антихриста. То же опьянение и беснование большинства народа, та же утрата разума и совести, то же поклонение величайшему злодею – оборотню. Духовное рассуждение сохранили немногие – те, которые не соучаствовали в общественном грехе. В их среде возникла идея сопротивления главному врагу России – самозванцу.