В целях обеспечения обороны и безопасности могут устанавливаться специальные меры, затрагивающие внешнюю торговлю товарами, услугами и интеллектуальной собственностью, а также ответные меры (ст. 32, 35,36,40 Закона). Военно-техническое сотрудничество и экспортный контроль должны осуществляются с соблюдением данного принципа.
Принцип обеспечения права на обжалование в судебном или ином установленном законом порядке незаконных действий (бездействия) государственных органов и их должностных лиц, а также права на оспаривание нормативных правовых актов Российской Федерации, ущемляющих право участника внешнеторговой деятельности на осуществление внешнеторговой деятельности, обеспечивает защиту прав и законных интересов участников внешнеторговой деятельности от злоупотреблений со стороны государственных органов и их должностных лиц, а также право оспорить ущемляющие права нормативные правовые акты. В соответствии со ст. 18 Закона участник внешнеторговой деятельности вправе обжаловать решение, действие (бездействие) государственного органа или его должностного лица, если таким решением, действием (бездействием), по мнению участника внешнеторговой деятельности, нарушены его права, свободы или законные интересы, ему созданы препятствия к их реализации либо незаконно возложена на него какая-либо обязанность. Решение, действие (бездействие) государственного органа или его должностного лица может быть обжаловано в суд, арбитражный суд и в случаях, установленных законодательством Российской Федерации, в вышестоящий государственный орган.
Принцип единства системы государственного регулирования внешнеторговой деятельности предполагает установление единой системы контроля за механизмом государственного регулирования внешнеторговой деятельности. Единство системы государственного регулирования внешнеторговой деятельности обусловлено единством таможенной территории Российской Федерации, единством торговой политики Российской Федерации; отнесением к ведению Российской Федерации таких сфер деятельности, как установление правовых основ единого рынка, финансовое, валютное, кредитное, таможенное регулирование, денежная эмиссия, основы ценовой политики, федеральные экономические службы, включая федеральные банки.
С принципом единства системы государственного регулирования внешнеторговой деятельности тесно связан принцип единства применения методов государственного регулирования внешнеторговой деятельности на всей территории Российской Федерации, который означает, что указанные методы применяются единообразно на всей территории Российской Федерации.