Одновременно с этим в 1991–1993 гг. произошел первый виток ядерного кризиса, в ходе которого администрация Клинтона даже рассматривала вариант вторжения, но отказалась от него из-за предположительно высоких потерь. Период напряженности был завершен подписанием так называемого Рамочного соглашения 21 октября 1994 г., в ходе которого Север замораживал свой ядерный проект в обмен на поставки мазута, обещание дипломатических отношений с США и постройку реакторов на легкой воде.
Три года после смерти Ким Ир Сена стали временем так называемого «трудного похода», когда серия природных катастроф практически добила сельское хозяйство страны, и без того подточенной отсутствием дешевого топлива. Вызванный бедствиями голод стал крупнейшей гуманитарной катастрофой в Восточной Азии со времен китайского «большого скачка», оценки экспертов вращаются вокруг цифры в 600 тысяч жертв. Можно сказать, что только особенности тоталитарной системы в сочетании с нормированным распределением продуктов удержали Северную Корею от того социального взрыва и хаоса, который мог бы случиться в аналогичной ситуации в любой другой стране. С другой стороны, значительное число северокорейцев оказалось в ситуации, когда государство уже не могло их прокормить, и нужно было самим искать пути для выживания. Так начала создаваться так называемая «параллельная экономика».
В 1998 г. Ким Чен Ир, окончательно вступив в права руководителя, несколько перемонтировал систему под себя и провозгласил сонгун – политику «приоритета армии», делая ставку на чрезвычайные меры в условиях тяжелого экономического положения страны. Совершенствование и оздоровление управленческой структуры сочетались с рядом мер, направленных на демонстрацию северокорейской военной мощи. Наиболее важным из них было испытание 31 августа 1998 г. трехступенчатой ракеты, которая, по сообщению северокорейских информационных агентств, вывела на околоземную орбиту спутник: по выражению одного из российских экспертов, Ким Чен Ир принял страну с сохой, а оставил с сохой и атомной бомбой (ядерные испытания были проведены в 2006 и 2009 гг.).
Одновременно правление Ким Чен Ира сопровождалось определенным «откручиванием гаек» и желанием «смены имиджа», результатом которого был, в том числе, пхеньянский саммит Ким Чен Ира и президента РК Ким Дэ Чжуна в 2000 г. В этом же году Пхеньян посетили президент РФ Владимир Путин и государственный секретарь США Мадлен Олбрайт.