По истечении срока консульства, Помпей (снова по распоряжению сената) был направлен в Малую Азию во главе двадцати легионов (100 тысяч бойцов) для борьбы против царя Понта, Митридата VI Евпатора. Помпей окружил лагерь Митридата, в армии которого было 30 тысяч человек. Понтийский царь выдержал осаду в течение полутора месяцев, после чего, перебив своих больных и раненых, вырвался из окружения. Помпей преследовал Митридата в Месопотамии, в Закавказье. Митридат бежал в Крым, где покончил с собой. Помпей вернулся с победой в Рим, по дороге покорив Сирию.
Римляне устроили Помпею триумф: он ехал на колеснице, впереди которой несли документы с перечислением его боевых заслуг (он взял 1000 крепостей, 900 городов, захватил 800 кораблей). Накануне его триумфа из Рима сбежал Красс, опасаясь возможных для себя неприятностей. Но Помпей и не думал преследовать Красса.
К этому времени в Риме выдвинулся ещё один деятель – Гай Юлий Цезарь, поддерживавший тогда популяров. Цезарь примирил Помпея с Крассом, втроём они заключили тайный союз (триумвират). Для укрепления этого союза, Помпей развёлся с Эмилией и женился (третьим браком) на дочери Цезаря, Юлии. Благодаря такому союзу Цезарь был избран на год консулом, а затем консулами снова стали Красс и Помпей. Далее Цезарь отправился покорять Галлию (ныне Франция), а Красс – Парфянское царство (ныне Иран).
Триумвират распался: Красс погиб на войне, Юлия умерла. Помпей, женившись (в четвёртый раз) на Корнелии, отдалился от Цезаря.
Между тем в Риме начались беспорядки. Толпа ворвалась в помещение, где заседал сенат, и подожгла там столы и стулья. Помпея наделили чрезвычайными полномочиями (временно, на полгода), и он восстановил порядок в городе. Помпей сам председательствовал в суде над подозреваемыми в беспорядках, сам выносил приговоры. Некоторые друзья Цезаря были осуждены на изгнание. Сторонники же Помпея требовали привлечь к суду и самого Цезаря – по истечении срока его командования легионами в Галлии.
Цезарь, узнав об этом, поторопился вернуться в Рим до окончания срока своего командования армией. Подведя легионы к реке Рубикон, являвшейся границей территории собственно Рима, он некоторое время простоял в нерешительности. Затем, произнеся: «Жребий брошен!», велел солдатам форсировать реку.