С наступлением эры мировых религиозных конфликтов компаративное религиоведение пропиталось предрассудками, обусловленными логикой идеологической борьбы: крайним субъективизмом в оценке инакомыслия, фанатизмом, ненавистью к религиям инородцев. В лучшем случае степень ложности чужих верований оценивалась в зависимости от их приближения (или удаления) к «единственно истинной религии», исповедуемой автором классификации.
Чужая религия зло высмеивалась, своей приписывались свойства исключительности и совершенства. И. Гёте писал об этом так:
Прочь, иудей и язычник! – кричит христианский фанатик.
Проклят язычник и гой, – в бороду шепчет еврей,
Христианина на кол, а иудея в геенну! —
В песне турецкой малыш высмеял тех и других.
Кто из них к истине ближе? Реши!
Во дворце твоем, боги, пляшут фигляры —
И я мимо всего прохожу.
Вместе с тем в отношении своей конфессии священники и богословы часто жалуются на низкий уровень религиозной образованности и на маловерие большинства единоверцев. Напряжение религиозного противостояния не могло повышаться бесконечно долго. Идеологическая разрядка, наступившая в Европе с середины XVIII в., приняла форму религиозно-философского вольнодумства и скептицизма. Скептицизм есть «свое иное» фанатизма, закономерная реакция на чрезмерную ортодоксальность. Вольнодумцы и скептики в Англии и Франции восставали против всякой конфессиональной авторитарности и подвергали сомнению истинность всех религий.
В своем сочинении «Христианство без тайн» (1696) Дж. Толанд доказывал, что все религии, кроме языческих, суть выдумки священников, которые ради собственной выгоды обманывают народ. Д. Юм, апостол «естественной религии», наделял свойством истинности только религиозные утверждения, согласующиеся с постулатами нашего разума. Ламетри, Даламбер и Вольтер немало потрудились для того, чтобы враждебное отношение «свободномыслящих» к религии достигло своего апогея. Так, по словам Вольтера, «религия возникла, когда встретились мошенник и глупец». Атеисты начали заученно твердить о религии как «детстве человечества», продукте «чистой фантазии», «невежестве», «обмане народа». Постепенно в Новое время в Европе сформировалась мощная альтернатива монотеизму – атеистический полюс. Наивное атеистическое религиоведение тенденциозно низводило историю религий к истории мировоззренческих заблуждений и игнорировало религиозно-культурные ценности.