Методы работы В. Кёппена характеризуются широтой исследования рассматриваемых научных проблем и поиском причинно-следственных связей. Процессы формирования и изменения климата он рассматривал в планетарном масштабе. Его деятельность в Германской морской обсерватории, где объектом исследования был «целый мир», была особенно плодотворной. Его также интересовали проблемы палеоклиматологии, то есть истории изменения климата в далеком прошлом.
В. Кёппен, как и его коллега, известный австрийский метеоролог Юлиус фон Ганн в Вене, сознавал свою ответственность за дальнейшие пути развития метеорологии. Размышления и рекомендации В. Кёппена современникам, иногда достаточно резкие, нашли отражение в ряде его научных статей.
Ученого отличал комплексный подход к изучаемым проблемам. Например, в 1914 году он писал в «Метеорологическом журнале»:
Многие размышления, опубликованные за последние годы, уже 30–40 лет назад велись с таким же тяжелым трудом и, возможно, кажутся их авторам новыми только потому, что они уделили недостаточно внимания соответствующим фактам, из-за которых тогда рассмотрение этих вопросов было приостановлено. Существует мало оснований полагать, что возможно путем теоретических размышлений, без обнаружения новых важных фактов, прийти к новым объяснениям, которых мы все так хотим.
В период службы в морской обсерватории он активно поддерживал инициативы коллег и сотрудников для развития их интереса к изучению метеорологии и в шутку называл себя «рабочим со случайным заработком». По этому поводу он однажды написал:
Инициативы, обусловленные практическими потребностями, высоко ценятся в работе метеорологов. Для расширения наших знаний о природе первым необходимым шагом всегда является «постановка вопроса», и этот первый шаг во множестве случаев вызван практической необходимостью. Наука благодарна практике за это, но оставляет за собой право изучать дальнейшие вопросы, возникающие при достижении этой цели… Запросы и задачи, поступающие извне, – это очень важные и эффективные стимулирующие средства, даже если поначалу их воспринимают как помехи.
Кёппен неоднократно высказывался о проблеме организации научной деятельности в крупных институтах, заключающейся в противоречии между «рутинной работой» и собственно научными исследованиями, что он тяжело переживал.