В конце июля 1919 г. красные нанесли решающее поражение белой Сибирской армии под Челябинском, в октябре – Вооружённым силам Юга России под Орлом и Северо-Западной армии под Петроградом. Исход первой фазы Гражданской войны был решён. Через полгода белые оставили Новороссийск, но целый год, пока Красная армия воевала с Польшей, не отдавали Крым, откуда Врангель прорвался к Донбассу. На Дальнем Востоке белые держались до ноября 1922 г.
С отходом белых армий в изгнание решающую роль в сопротивлении переняли крестьянские восстания: Тамбовское, Западно-Сибирское, Воронежское и десятки менее крупных. Решающим стало Кронштадтское восстание в марте 1921 г., заставившее Ленина отказаться от форсированного прыжка в коммунизм и принять экономическую программу меньшевиков. Но предстояли ещё голод, вызванный конфискацией зерна и унёсший миллионы жизней, и ленинская атака на Церковь.
Расцвет новой экономической политики в 1924–1925 гг. принёс успокоение, крестьяне стали выдвигать своих людей в местные советы, однако вооружённые вылазки продолжались в Белоруссии, на Северном Кавказе и в Средней Азии. Гражданское противостояние вели братства в защиту Церкви, группы молодёжи (в том числе скауты) и культурные объединения. Власть видела в их деятельности контрреволюцию, и число заключённых на Соловках росло.
Когда Сталин возобновил принудительное изъятие зерна, усилилось и вооружённое сопротивление: в 1928 г. крестьяне убили 700, в 1929 г. – уже 1300 представителей советской власти. Сталин ответил раскулачиванием и сплошной коллективизацией, которые привели ко «второй гражданской войне» на селе. Власть погасила её голодомором 1933 г., унёсшим новые миллионы жизней.
После ужасов коллективизации многие в Красной армии пытались поднять восстание, например, командир Артём Нахаев в одной из московских дивизий в августе 1934 г. Но всеохватный сыск и террор делали эти попытки тщетными.
Коллективизация не только озлобила население против советской власти, но и внесла раскол в круг сторонников Сталина. Мартемьян Рютин, секретарь одного из московских райкомов, написал политическую программу, требующую отмены принудительной коллективизации, замедления темпов индустриализации и отстранения Сталина от власти. Рютина вскоре арестовали, но в 1934 г., на XVII съезде компартии, 24 % делегатов проголосовали против Сталина. Вождь не знал имён своих противников, но использовал «великую чистку» 1937–1938 гг., чтобы расстрелять (на всякий случай) 56 % делегатов XVII съезда. Всего по решению Сталина было расстреляно 44,5 тысячи человек из партийной элиты, а также 107 тысяч служителей Церкви, духовенства и мирян, сотни тысяч участников Белого движения и иные «остатки враждебных классов». Всего, по официальным данным, за два года по политическим причинам было расстреляно 682 тысячи человек, а число заключённых в тюрьмах и лагерях достигло 2,7 миллиона.