Деятельность военной контрразведки начинается со времен Отечественной войны 1812 года, когда появляется Высшая военная (позднее военно-секретная) полиция. Постепенно, начиная с восстания декабристов, когда армия перестает быть опорой режима, контрразведывательные функции таких учреждений уступают место функциям охранительным, поиску «крамолы». Создание в 1903 году контрразведывательного подразделения в военном ведомстве не очень изменило ситуацию – тем более что новая структура состояла в основном из жандармов, как и последующие спецслужбы белых правительств. Впрочем, таких широких оперативных возможностей, как Особые отделы в Рабоче-крестьянской Красной армии, а затем в Советской армии, царские органы военной контрразведки не имели. Особые отделы оставались в армии как форма недоверия к военным специалистам, и их полномочия постоянно расширялись. Правда, в 1930 году они были объединены с органами контрразведки, и окончательное (на сегодняшний день) их разъединение состоялось в 1936 году, в преддверии предстоявших в Красной армии репрессий. После двух экспериментов (в феврале 1941 года и в апреле 1943 года) по передаче Особых отделов в военное ведомство они вернулись в систему госбезопасности.
Вопросами экономики занимались еще III отделение и МВД Российской империи, но создание отдельной структуры произошло при большевиках, организовавших отдел по борьбе со спекуляцией ВЧК, далее существовавший в виде Экономического управления, а в наше время – Департамента экономической безопасности ФСБ. Аналогичные органы на транспорте также существуют еще с жандармских времен. Охрана первых лиц государства, которой при царизме спецслужбы занимались вместе с военными структурами, окончательно перешла в ведение органов госбезопасности в 1935 году и после реорганизации КГБ в 1991 году осуществляется выделенной в самостоятельное ведомство Федеральной службой охраны РФ.
Органы пограничной стражи, существовавшие до революции в виде самостоятельной структуры и претерпевшие за 100 лет многочисленные преобразования, с 1991 года стали отдельным ведомством – Федеральной пограничной службой РФ, а с 2003 года снова входят в состав Федеральной службы безопасности РФ. Таким образом, рассматривая историю отдельных подразделений системы органов государственной безопасности в России, можно проследить в отдельных случаях преемственность их функций в течение всей истории нашего государства.