Состав контрольно-счетных органов как на уровне субъекта Российской Федерации, так и на муниципальном уровне также определяется законопроектом (ст. 5). При этом субъекты Российской Федерации и муниципальные образования наделяются правом уточнять состав контрольно-счетных органов и определять их структуру.
Законом предполагается установить критерии определения штатной численности контрольно-счетных органов. В частности, для контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации при определении штатной численности предлагается учитывать численность населения, постоянно проживающего на территории субъекта Российской Федерации, долю субъекта Российской Федерации в консолидированном бюджете Российской Федерации и количество муниципальных образований, входящих в состав субъекта Российской Федерации. Штатную численность контрольно-счетных органов муниципальных образований предлагается определять в соответствии с нормативами штатной численности контрольно-счетных органов муниципальных образований, установленными законом субъекта Российской Федерации с учетом видов и особенностей муниципальных образований (ст. 5).
В Законе содержатся положения, касающиеся порядка назначения на должность председателя, заместителя председателя и аудиторов контрольно-счетных органов. Назначение на указанные должности осуществляет соответственно законодательный орган или представительный орган. При этом устанавливается перечень субъектов, которые имеют право вносить предложения о кандидатурах на должность председателя (ст. 6).
Законом устанавливаются основные требования к кандидатурам на должности председателя, заместителя председателя и аудиторов контрольно-счетных органов (ст. 7), в частности к образованию и опыту работы, а также ограничения, связанные с замещением указанных должностей: наличие неснятой или непогашенной судимости, признание гражданина недееспособным или ограниченно дееспособным решением суда, отказ от прохождения процедуры оформления допуска к сведениям, составляющим государственную и иную охраняемую федеральным законом тайну, выход из гражданства Российской Федерации или приобретение гражданства иностранного государства либо получения вида на жительство или иного документа, подтверждающего право гражданина Российской Федерации на постоянное проживание на территории иностранного государства.