Весной 1903 года группа лиц обратилась к настоятелю монастыря с просьбой разрешить «привести в благоустроенный вид могилу Н.В. Гоголя, начавшую разрушаться под влиянием времени». Были предложены следующие меры: «1) выравнять покривившийся памятник; 2) отчистить от посторонних надписей лицевую сторону его; 3) позолотить медный крест, и 4) обнести всю могилу железной решеткой». Однако этим лицам в «исправлении могилы» было отказано. На снимках этого времени можно заметить, что в целом могила выглядела удовлетворительно, но было также очевидно, что она требовала некоторой поправки и приведения в более благоустроенный вид. Так, заметен легкий наклон креста к югу. Настоятельной необходимостью была установка на могиле ограды – прежде всего для дистанции с соседними захоронениями (отсутствие ограды уже привело к появлению посторонних памятников почти вплотную к «Голгофе»).
Только в 1909 году перед юбилейными торжествами – к 100-летию со дня рождения Гоголя – была проведена реставрация могилы, тогда же была сооружена и массивная художественная ограда, созданная скульптором Николаем Андреевичем Андреевым. На ней был медальон с портретом Гоголя, сделанный скульптором с его прижизненного портрета. Работу над решеткой Андреев вел одновременно с созданием известного памятника Гоголю, открытому на Пречистенском бульваре в год юбилея писателя. Старые надгробия – «Голгофа» и саркофаг – приобрели правильное вертикальное положение; внутри ограды они были утверждены на толстой бетонной вымостке, был также вызолочен крест. Газета «Московские церковные ведомости», рассказывая о праздновании, отмечала: «Ярко блестел на солнце золоченый намогильный крест, водруженный в каменной глыбе…»
По случаю гоголевских торжеств реконструировали также вход в Дом настоятеля, служивший непосредственным фоном для могилы писателя. Вместо прежних неказистых сеней здесь возникла достаточно широкая пристройка, наверху которой был устроен балкон с застекленной крышей.
Октябрьская революция кардинально поменяла судьбу старейшего московского монастыря. В 1930 году Данилов был закрыт, на территории монастыря устроили приемник для несовершеннолетних правонарушителей, в связи с чем некрополь Данилова монастыря подлежал ликвидации. Лишь несколько самых дорогих русскому сердцу захоронений было решено перенести на новое место, среди них и могилу Гоголя.