В 1664 г. Аввакум сослан был в Мезень, где он пробыл полтора года, продолжая свою фанатическую проповедь, поддерживая своих приверженцев, разбросанных по всей России, окружными посланиями, в которых именовал себя «рабом и посланником Иисуса Христа», «протосингелом российской церкви».
В 1666 г. Аввакум привезен был в Москву, где его 13 мая после тщетных увещаний на соборе, собравшемся для суда над Никоном, расстригли и прокляли в Успенском соборе за обедней, в ответ на что Аввакум тут же возгласил анафему архиереям. И после этого не отказывались еще от мысли переубедить Аввакума, расстрижение которого было встречено большим неудовольствием и в народе, и во многих боярских домах, и даже при дворе, где у ходатайствовавшей за Аввакума царицы было в день расстрижения его «великое нестроение» с царем.
Вновь происходили увещания Аввакума уже пред лицом вост. патриархов в Чудове монастыре, но Аввакум твердо стоял на своем. Сообщников его в это время казнили. Аввакум был наказан кнутом и сослан в Пустозерск (1667). Ему даже не вырезали языка, как Лазарю и Епифанию, с которыми он и Никифор, протопоп симбирский, были сосланы в Пустозерск. 14 лет просидел Аввакум на хлебе и воде в земляной тюрьме в Пустозерске, неустанно продолжая свою проповедь, рассылая грамоты и окружные послания. Наконец, дерзкое письмо его к царю Феодору Алексеевичу, в котором он поносил царя Алексея Михайловича и ругал патриарха Иоакима, решило участь Аввакума и его товарищей.
1 апреля 1681 г. они были сожжены в Пустозерске. Раскольники считают Аввакума мучеником и имеют иконы его. В сфере раскола Аввакум действовал не только примером непреклонности убеждения; он – и один из наиболее выдающихся расколоучителей.
Аввакуму приписывают 43 сочинения, из которых 37, в том числе и автобиография его («Житие»), напечатаны Н. Субботиным в «Материалах для истории раскола» (т. I и V). Вероучительные взгляды Аввакума сводятся к отрицанию никоновских «новшеств», которые он ставил в связь с «римской блудней», т. е. с латинством. Кроме того, Аввакум в Св. Троице различал три сущности, или существа, что и дало первым обличителям раскола повод говорить об особой секте «аввакумовщины», которой на самом деле не было, так как взгляды Аввакума на Св. Троицу не были приняты раскольниками.