В третий раз владыка Феодор был арестован 16 апреля 1924 г. Обвинялся в том, что «устраивает в управляемом им монастыре собрания духовенства и мирян, которые носят политический характер, создает антисоветские группировки». Следователь был хорошо осведомлен о лицах, посещавших владыку Феодора в Даниловом монастыре, и поэтому владыке приходилось объяснять причины их посещений: обер-прокурор Синода Самарин А.Д. и сын военного министра Шуваев хотели подготовиться к монашеству, а с еп. Серафимом (Чичаговым), с которым они познакомились в тюрьме, беседовали по церковным вопросам.
Давал также владыка Феодор объяснения по поводу составленного им вместе с еп. Германом (Ряшенцевым) акафиста преп. князю Даниилу – что он не вставлял в тропарь преп. кн. Даниилу «монархических формулировок поминовения».
В деле есть несколько заявлений сестры владыки Феодора Цвейтовой П.В. с просьбой отпустить ее брата «на поруки из-за слабого здоровья», поскольку он страдает болезнью почек. Владыку на какое-то время переводят для лечения в тюремную больницу, но срок содержания под стражей всё продлевают и продлевают.
Наконец, 17 октября 1924 г. постановили: Поздеевского освободить из-под стражи под подписку о невыезде, но дело продолжить. А уже то ли 9-го, то ли 17 декабря (в деле разные данные) 1924 г. владыку снова арестовывают в Даниловском монастыре.
Теперь следователя уже интересуют встречи владыки Феодора с профессором Поповым. Владыка отвечает, что Попов, которого он знает по совместной работе в Московской Духовной Академии с 1909 г., к нему заходил, и они беседовали за чаем о тюрьме и о здоровье Патриарха, что о Соборе 1923 г. они не говорили, так как Поздеевский о нем смутно знает, что Попов спрашивал фамилии арестованных епископов и владыка назвал, кого знал, и тот внес их в свой список, и также сведения о времени, проведенном им самим в тюрьме.
19 июня 1925 г. архиепископ Феодор был осужден по ст. 59 и ст. 73 (измышления и распространение в контрреволюционных целях ложных слухов или непроверенных сведений) за то, что «входил в сношения с иностранцами, передавал сведения о репрессиях и гонениях на церковь за границу» (причем, в конце одного из постановлений с этим обвинением стоит пометка владыки: «Не согласен, не имел сношений») и приговорен к высылке в Киркрай (ныне Казахстан) на 3 года. Отбывал владыка, по некоторым сведениям, в г. Тургае (в делах подтверждения этому нет), затем, с ноября 1927 г., жил в ссылке в г. Орске.