Декларацию 1927 г. владыка Феодор воспринял отрицательно, видя в ней полное подчинение Церкви произволу богоборческого государства. «Даниловцы» не исполняли указ Синода о поминовении на богослужении советской власти. В материалах дела № 7014-П, в показаниях архимандрита Поликарпа (Соловьева), одного из ближайших учеников владыки Феодора, о причинах этого сказано так: «Это поминовение мы признавали неправильным, поскольку советская власть есть атеистическая и церковь отделена от государства. Декларации митр. Сергия мы не сочувствовали, так как советская власть придерживается идеологии материалистической, атеистической, значит антицерковной». Архиепископ Феодор считал, что Церковь должна жить своей жизнью, строго по церковным канонам, а с государством не вести какой-то особой политики, не стараться с ним как-то договариваться и не пытаться к нему приспособиться, идя на компромиссы со своей совестью[8]. Владыка говорил, что если Церковь будет жить чистой, правильной жизнью, то Господь не даст ее уничтожить[9].
Оппозиция архиепископа Феодора и его сторонников, так называемой «Даниловской группы» непоминающих, по отношению к митр. Сергию первоначально была достаточно умеренной. Можно сказать, что они занимали в Церкви центристскую позицию. Говоря о церковных взглядах владыки Феодора в то время, философ Лосев писал: «[Архиепископ Феодор] говорит, что сергиане и иосифляне одинаково будут судимы на будущем Соборе, хотя, по его мнению, последние безусловно будут оправданы…» По этим же воспоминаниям Лосева, владыка Феодор «фактически разорвавши (только в 1930 году!) с С<ергием>, формальное отложение все же считает не только ненужным, но и невозможным, ибо-де отложить может только Бог»[10]. Однако из-за недостаточности имеющихся источников (в частности, отсутствия в следственных делах подлинных текстов писем архиепископа Феодора) церковная позиция главы «даниловцев» пока до конца не ясна.
По окончании ссылки владыка Феодор 18 декабря 1930 г. возвратился в Москву, на Рождество 1931 г. вел службу в храме Воскресения Словущего и сразу уехал во Владимир. В начале апреля 1931 г. во Владимир на жительство приехал архимандрит Симеон (Холмогоров), близкий друг и сподвижник владыки Феодора со времен их совместной учебы в Казанской Академии, сменивший его на посту ректора Тамбовской Семинарии и продолживший его антиреволюционную политику, тяжело раненный в 1907 г. студентом-террористом и с тех пор прикованный к инвалидному креслу. Владыка Феодор заботился о нем всю последующую жизнь.