Как только знамя венгерского короля пало, венгры поняли, что они находятся на грани поражения и уговорили Сигизмунда оставить поле, вначале их отход по направлению к реке, казалось, проходил в строгом порядке, большинство из дворян и командиров поднялись на борт судов с минимальными трудностями.
Маленькая лодка, принадлежавшая госпитальерам, доставила венгерского короля на борт галеры венецианского адмирала Мочениго. Согласно воспоминаниям бургунда Бертрана де ла Брокье, «Двести ломбардийских и генуэзких арбалетчиков сдерживали турок, пока император [Сигизмунд] не укрылся за бортами галеры, стоявшей на Дунае». Часть воинов заняла последний рубеж обороны на холмах, в то время как другие бежали и преследовались турками между холмами. Османские лучники пускали стрелы по судам, поскольку они захватили крутые откосы на беретах Дуная к востоку от Никополя. Несколько судов было перегружено чуть ли не до затопления, но Иоанну Нюрнбергскому. Герману Цилли, гроссмейстеру госпитальеров Филиберту де Наильяк, архиепископу Грана и Сигизмунду все-таки удалось уйти. Иоанн Гараи, один из лояльных сторонников Сигизмунда высадился на северном берегу и отбыл в Венгрию сухопутным путем, чтобы временно править страной до возвращения короля. Большинству простых солдат повезло много меньше, согласно де ла Брокье, «шесть тысяч валахов и польские рыцари заняли оборону на холме возле императора и были все вырезаны». Упомянутый Шильтбергер видел катастрофу «из первых рядов»: «Когда конница и пехотинцы увидели, что король бежал, многие также побежали к Дунаю и всякими способами пытались сесть на корабли. Но суда были переполнены и не могли больше никого принять на борт, и когда беглецы пытались взобраться на борт, они [команда] били их по рукам, так что многие тонули в реке». Византиец Дука выдвинул свою версию, основанную на османских воспоминаниях, написав, что «оставшиеся в живых бежали к Дунаю, где большинство бросилось в реку и утонуло».
Здесь стоит отметить, что Дунай – большая река, ее ширина в районе Никополя составляла около километра. В сентябре уровень воды в реке стоял низко, так что вблизи Никополя, чуть ниже по течению, на реке было немало отмелей и больших островов. Перебраться на них вплавь было вполне реально. И фактически довольно много крестоносцев убежало, в том числе, и многие из франко-бургундского авангарда. Заявление Шильтбсргера, что «