Ему Брусилову Л. А. подчинялись военно-морские агенты (атташе) за границей, оперативные части (отделения) в штабах, начальники действующих флотов (морсил). А также в его ведение были переданы общие направления деятельности Курсов военно-морских наук в Николаевской Морской Академии. Кроме того, после русско-японской войны решено было создать учебный отряд кораблей, куда вошли корабли: крейсер «Слава», «Гиляк», «Адмирал Макаров», «Цесаревич» и другие, и уже в 1906 году открыты:
офицерский класс подводного плавания, (указом императора от 19 марта 1906 года был учреждён подводный флот России), офицерский водолазный и штурманский классы, офицерская воздухоплавательная школа и офицерский класс морской авиации.
Сам император был знаком с деятельностью МГШ не на словах, а на деле: он постоянно принимал у себя как военно-морских руководителей высшего ранга, так и военных агентов и многих других специалистов, поскольку для принятия необходимых решений ему было необходимо знать, что происходило и в стране и за границей. Такую информацию ему мог предоставить МГШ. Для этого в его структуре были созданы, как говорилось выше, отделения: русской и иностранной статистики, и военно-историческое. А также имелось и делопроизводство по мобилизации. Выполняли они следующие задачи:
1. сбор и обработка информации об общем политическом положении, о силах и средствах иностранных государств, и об их готовности к войне, имеются в виду, потенциальные противники, о морских театрах военных действий, обработка статистических данных о русском флоте;
2. составление проектов программ развития морских вооружённых сил, составление основных заданий к постройке кораблей, для подготовки театра военных действий, для подготовки неприкосновенных запасов, для комплектования флота и мобилизации, формирования эскадр и отрядов и их дислокации;
3. составление основных планов обучения, ремонта, перевооружения, снабжения флота, соответственно, подготовки флота к войне; кроме того: положений, уставов, правил службы и инструкций, касающихся боевой подготовки флота;
4. разработка вопросов общей организации службы на флоте, составления заданий по морским манёврам, наблюдение за их ходом и отчёты о них;
5. проработка военно-исторических материалов, разработка документов для составления международных деклараций, переписка по военно-политическим вопросам, общее заведование «Морским сборником».