.
В январе 1904 г. Е.В. Васьковский был назначен Министерством народного просвещения на должность экстраординарного профессора по кафедре гражданского права и гражданского судпроизводства Императорского Новороссийского университета.
Революционные события 1905 г. повлияли на систему управления университетами. В частности, была возобновлена выборность ректора и деканов факультетов. Хотя Е.В. Васьковский в 1905 г. не был избран деканом юридического факультета и уступил на выборах своему оппонету А.И. Загоровскому, который в дальнейшем отказался от должности, в этом году он получил чин колежского советника.
В октябре 1906 г. Е.В. Васьковский занял должность ординарного профессора по кафедре гражданского права и гражданского судопроизводства, а в ноябре 1906 г. его избрали проректором Императорского Новоросийского университета по работе со студентами.
В универстите Е.В. Васьковский читал лекции по следующим предметам: учению по комментированию и применению гражданских законов; гражданскому праву; судоустройству.
В июне 1907 г. указом императора Е.В. Васьковський был временно отстранен от должности проректора университета. Его обвиняли в том, что он не осуществлял наблюдение за тем, чтобы студенческие собрания имели исключительно академический характер и чтобы в стенах университета не проходили сборища с участием посторонних лиц, не принял меры по запрету студенческой организации «Общестуденческий суд».
В феврале 1909 г. Е.В. Васьковский по решению Уголовного кассационного департамента Правительственного Сената был отстранен от должности проректора университета с запретом нахождения на государственной службе в течение трех лет, а в мае этого же года он был уволен из университета. Обвинения строились на показаниях свидетелей, среди которых были его коллеги – профессора университета, а также помощники инспекторов, студенты, университетские служители и прочие лица.
Оказавшись за пределами университета, Е.В. Васьковский продолжал издавать свои работы. Так, в 1913 г. вышли первый том «Курса гражданского процесса»16 и «Руководство к толкованию и применению законов для начинающих юристов»17.
В 1914 г. Е.В. Васьковский принимал участие в работе над коллективной монографией18, посвященной 50-летнему юбилею судебной реформы в Российской империи