Можно без преувеличения сказать, что встреча Петра I и Лефорта была для каждого из них важнейшим событием в жизни. Когда она случилась? Если следовать логике мемуариста Франца (Никиты) Вильбуа, они познакомились непосредственно после первого Стрелецкого бунта 1682 года. Это Лефорт «под предлогом развлечения царя невинными играми собрал вокруг молодого государя иностранных офицеров в количестве достаточном, чтобы создать роту… Рота эта выросла до батальона, потом до двух, трех и четырех… В течение семи или восьми лет эти войска, созданные по иностранному образцу, выросли до 12 тысяч человек».
По другим данным, Лефорт стал известен юному царю в 1687 году, когда он пригласил женевца обучать иностранному строю два своих полка – Преображенский и Семеновский. Есть исследователи, которые утверждают, что Петр познакомился с уроженцем Женевы на дипломатическом приеме, а сблизился не ранее августа 1689 года, когда последний заявил о своей приверженности царю. Достоверно известно, что Петр впервые посетил дом Лефорта в Немецкой слободе лишь 3 сентября 1690 года. К началу же 1691 года Лефорт уже считался фаворитом Петра.
Влияние Лефорта на Петра I было всеобъемлющим и глубоким – по словам Федора Достоевского, «женевец Лефорт воспитал его». Историк Сергей Соловьев написал позднее: «Лефорт умел сделаться неразлучным товарищем, другом молодого государя… Лефорт возбуждал Петра предпринять поход на Азов, уговорил ехать за границу; по его внушению царь позволил иностранцам свободный въезд и выезд. Очевидно, что Петр, как преобразователь в известном направлении, окончательно определился в тот период времени, к которому, бесспорно, относится близкая связь его с Лефортом…» Добавим к этому, что Лефорт подсказал Петру идею строительства новой столицы на Балтике.
Единственный из приближенных царя Франц отказался участвовать в казни мятежных стрельцов. Несмотря на веские основания для ненависти к ним: ведь главари мятежников (Овсей Ржов, Тума, Зорин, Ерш и др.) во всех неудачах (в том числе и военных) винили «еретика Франчишку Лефорта», «умышлением» которого якобы «всему народу чинится наглость, брадобритие и курение табаку во всесовершенное ниспровержение древнего благочестия». Лефорт же, по словам А. С. Пушкина, «старался укротить рассвирепевшего царя. Многие стрельцы были спасены его ходатайством и разосланы в Сибирь, Астрахань, Азов и проч.».