Но уже через несколько дней обстановка начала меняться. По мере того как утихали страсти московского мятежа, Годунов, пользуясь поддержкой двора и влиянием на Федора, забрал власть в свои руки, оттеснив боярина Никиту Романовича. Вовремя осознав, что народ против возрождения опричных порядков, с узурпацией власти бывшими опричниками из гнезда Малюты Скуратова, Годунов усилил свои властные позиции политическими маневрами. Он убедил слабовольного Федора значительно расширить состав боярской Думы и обновить приказы. За несколько месяцев Дума увеличилась вдвое, причем половина бояр-думцев принадлежала к партии Годунова, что резко усилило позиции конюшего Бориса Федоровича. Став конюшим с легкой руки государя, он возглавил ключевой земский приказ, продвинув своих близких родичей Годуновых: Степан Васильевич возглавил Посольский приказ, Иван Васильевич – Стрелецкий приказ, а Григорий Васильевич стал дворецким. В смене воевод во многих крупных городах также угадывалась властная рука царского шурина, расширяющего и усиливающего позиции «партии Годунова».
Без лишнего шума Годуновым и его людьми было осуществлено наказание дворян Ляпуновых и Кикиных и других возмутителей московской черни на апрельский мятеж «против злодея Бельского», считай, против дуэта худородных опричников Годунова – Бельского. Мятежников выслали в дальние волости и надолго заключили в темницы. Народ безмолвствовал, славя правосудие законного «природного царя», готовясь к венчанию на царство Федора Ивановича Блаженного, отложенному ради шестинедельного общенародного моления об усопшем венценосце Иване Васильевиче до 31 мая 1584 года.
С целью благоденствия царства от знаковой вехи венчания Блаженного, по наущению боярской Думы, с лидерством там годуновской партии, двухлетнего царевича Дмитрия, вдовствующую царицу Марию Нагую, ее отца и всех братьев Нагих отослали в город Углич, дав большой семье «царскую обслугу», многих стольников, стряпчих и стрельцов для охраны. Современники с душевной радостью отмечали, что 24 мая, за неделю до своего венчания, государь Федор Иванович с блаженной улыбкой на устах и слезами на глазах прощался со своим братом Дмитрием, «как бы невольно исполняя государев долг, болезненный для доброго и нежного сердца постника и печальника».