– Будь по-твоему, владыка, как скажешь, сначала получу официальный титул «правителя», правя и властвуя… – согласился Годунов, подумавши про себя: «В Польше не удалось избрать „своего“ короля, так изберем самого себя „царем-властителем“ и освятим это избрание волей „своего“ патриарха…»
Воспользовавшись отвлечением русских сил на войну со шведами, крымский хан Казы-Гирей предпринял летом 1591 года набег на Москву со стотысячным войском. Хана подбивали к этому и шведы, обещая щедрое вознаграждение, но крымчаки не догадывались, что в столице, по инициативе Годунова и стараниями мастера Федора Коня, выстроили неприступную десятикилометровую стену (на месте современного Бульварного кольца). На стене организатором московской обороны Годуновым были установлены пушки и пищали. Все это было неожиданно для крымчаков, помнивших успех набега хана Девлет-Гирея двадцатилетней давности. Конное войско хана, прощупывая оборону Москвы, получило серьезный урон от артиллерийского огня. Для устрашения ханского войска Годунов приказал палить из пушек всю ночь, наводя страх и ужас на крымчаков, поручив одному дворянину донести до хана дезинформацию о прибытии к осажденным сильного подкрепления. На вопрос хана о беспрестанной стрельбе из пушек, не приносящей урона крымчакам, «пленный» сообщил, что русские стреляют на радостях от прибытия многотысячного подкрепления с обозами снарядов для пушек. Убедившись, что Москва надежно защищена, Казы-Гирей, не желая рисковать, не дожидаясь рассвета, поспешно ушел восвояси, бросив все награбленные трофеи. В память о «чудесной» победе над войском Казы-Гирея царь Блаженный приказал заложить монастырь спасительной Донской иконы Божией Матери.
Война со шведами, благодаря осторожности и дипломатическим уверткам Годунова, не имеющего больших талантов полководца, не обернулась большим кровопролитием для русских войск, она имела вялотекущий характер и завершилась к осени 1594 года заключенным перемирием в деревне Тявзино рядом с Ивангородом. Годунов сложными дипломатическими маневрами и компромиссами вернул России потерянные Грозным в ходе предыдущей Ливонской войны русские города – Ям, Ивангород, Копорье и прилегающие земли. Кроме того, Орешек (Нотебург) и Ладога также отошли к Москве, но русским пришлось уступить шведам права на Эстляндское княжество (Эстонию).