Сципион Дориа, командир пяти галер Антонио Дориа, вел разведку, когда появился турецкий флот, и бежал, не дожидаясь развития событий. Мальдонат, приняв на борт воду у Махдии, 14 мая прибыл на Мальту с тремя галерами и обнаружил, что Сципион Дориа опередил его на несколько часов и уже успел доложить, что весь флот потерян. Другие уцелевшие корабли направились прямо в Трапани, что на Сицилии, и были там к 15-му числу. Мединасели, Джанандреа Дориа и еще несколько офицеров выбрались с Джербы на одном из мелких кораблей в ночь на 11-е и прибыли на Мальту 15-го. На следующий день они тоже отплыли на Сицилию.
Всего, включая 7 галер, которые нашли убежище под защитой орудий форта и были или уничтожены христианами во время осады, или захвачены турками после ее окончания>4, объединенный флот потерял 27 галер>5, около половины парусников и почти все мелкие суда. Форт, гарнизон которого благодаря беженцам стал вдвое больше той численности, на которую были рассчитаны припасы, продержался до конца июля. 30-го числа его командир, Альваро де Санде, совершил последнюю отчаянную вылазку, которая привела к тому, что его, находящегося на борту одной из трех оставшихся галер, оттеснили и отрезали на ней. На следующий день гарнизон, оставшийся без командира, сдал форт противнику, и его доблестному командиру пришлось последовать примеру своих людей.
Общие потери христиан составили, если верить источникам, более 18 тысяч человек. В это число включены генералы галер Неаполя, Сицилии и папы: первые два были взяты в плен, последний – убит.
Пиали-паша 8 августа отправился с Джербы домой. После короткой остановки в Триполи, где его прибытие помогло укрепить несколько неопределенное положение Тургута, он двинулся к Превезе, а оттуда – в Константинополь. Его триумфальное возвращение с призами – 19 галер и галеот – 17 сентября 1560 года можно назвать высшей точкой турецкого господства на Средиземном море.
Тем временем Великий магистр Мальтийского ордена, силы которого пострадали меньше, чем другие христианские контингенты, стремился сделать что-то, способное помочь защитникам Джербы: или попытаться снять осаду, или произвести внезапную атаку на Триполи, пока большая часть его гарнизона использовалась в другом месте. К пяти галерам, имевшимся в его распоряжении, он намеревался добавить еще две, с которыми один из его рыцарей только что вернулся из каперской экспедиции в Левант. Также две галеры он рассчитывал нанять, и одна новая галера была недавно построена в Мессине. Эти силы, к которым можно было присоединить остатки эскадр Джанандреа Дориа и еще какое-то количество кораблей из Испании, были уже способны на многое. К сожалению, испанский король решил, что его корабли должны ограничиться защитой итальянского побережья, да и с предполагаемым наймом ничего не вышло. Тем не менее утверждают, что семь мальтийских галер под командованием нового генерала Пьера де ла Фонтена и 13 генуэзских галер Джанандреа Дориа отправились с Мальты в Триполи, но им помешала погода