Концентрация флота и армии из Испании и Италии была всегда длительным процессом, и Испании всегда требовалась длительная помощь, чтобы материализоваться, даже когда необходимость была острой. Но первые шаги к сотрудничеству были достаточно уверенными. Гарсия де Толедо, теперь совмещавший две должности – генерал-капитана средиземноморского флота и вице-короля Сицилии, в начале апреля 1565 года лично прибыл на Мальту и привел 27 галер. Он осмотрел фортификационные сооружения и обещал отправить подкрепление и запасы с Сицилии. В обмен на это он попросил, чтобы галеры ордена были добавлены к его флоту. Оставив своего сына с отрядом из 800 человек на острове в качестве первого «транша», он отправился в Голетту, укрепил гарнизон города и вернулся в Мессину ждать сбора испанских сил.
Представляется сомнительным, что великий магистр когда-либо намеревался лишить себя флота галер. В любом случае он настоял на его сохранении, и неожиданно раннее появление противника помешало обеим сторонам сделки ее выполнить. До этого мальтийские галеры, большой галеон ордена и разные другие суда использовались для доставки продовольствия и амуниции. Рыцари призвали в строй и новые войска с Сицилии и материка. Галеры под командованием П. де Гиу вернулись из последнего рейса 8 мая, а галеон даже позже. В то же время Хуан де Кардона, генерал сицилийских галер, доставил последнее подкрепление из 400 человек на двух галерах и до возвращения на Сицилию обследовал мальтийские гавани, имея в виду будущую высадку.
Турки намеревались сначала высадиться в Марсашлокке, большой гавани на юго-восточной оконечности острова, но были вынуждены отказаться от этого намерения из-за сильного восточного ветра. Поэтому они направились в бухту Муджарро, что на западном побережье, где бросили якоря. После наступления темноты, когда ветер стих, 35 галер вернулись к восточной оконечности острова и высадили около трех тысяч человек в бухте Святого Томаса, что между Марсашлокком и Большой бухтой. Попыток помешать высадке не было, и к вечеру 20-го вся турецкая армия уже была на берегу.
В это время города Валетты, который стоит на косе, выдающейся в море в северо-восточном направлении между Большой бухтой и Карантинной гаванью, еще не было. Он был основан в следующем году великим магистром Жаном де ла Валеттом, героем осады. Штаб-квартира рыцарей находилась в Борго (Биргу), городе, построенном после прибытия рыцарей на остров, на одном из двух выступов, которые вдаются в Большую бухту с северо-востока. Борго был укреплен с сухопутной стороны, а его морскую сторону защищал форт Сайт-Анджел о. Другой выступ, так называемый остров Сенглея, также был защищен линией фортификационных сооружений с южной и западной стороны. Гавань располагалась между двумя этими выдающимися в море выступами и была закрыта тяжелой цепью, протянутой от замка Сант-Анджело до мыса Сенглея. В дополнение к этим фортификационным сооружениям существовал еще форт Сент-Элмо – там, где сегодня находится Валетта. Небольшие гарнизоны были оставлены в Нотабиле (Читавеккья), старой столице в центре острова, и на острове Гозо. Для защиты этих позиций было выделено около шести тысяч человек.