Турки решили, что должны уйти с острова, не встречаясь с прибывшей на помощь армией. Всю ночь шла эвакуация. Посадка на корабли велась у форта Ринелла, в самом дальнем заливе Большой бухты. 8-го числа окопы были пусты, а остатки армии находились на кораблях.
Потом турки передумали. По-прежнему нигде не было видно испанцев, которые на самом деле еще не добрались до Нотабиле, да и дезертир сообщил, что их не больше пяти тысяч человек. Несмотря на потери, у турок было вдвое больше людей, и представлялось вероятным, что поражение прибывшей на помощь армии автоматически повлечет за собой успех. В ночь на 10 сентября Мустафа снова высадился на остров во главе войск, а Пиали повел галеры на запад, в залив Святого Павла, для поддержки. На следующий день две армии встретились, и успеха добились испанцы. Турки были обращены в бегство, и только огонь с галер спас их от полного уничтожения. Уцелевшие снова были взяты на борт, флот поднял паруса и 12-го ушел.
Тем временем вице-король вернулся в Мессину и погрузил еще четыре тысячи человек на 50 лучших галер. 13 сентября, находясь в районе Сиракуз, он заметил флот турок, вероятно направлявшийся домой. Он сразу высадил войска на берег и двинулся к Мальте, чтобы забрать те войска, которые были там. Необходимости в них больше не было, а их присутствие могло лишь усложнить снабжение острова продовольствием. 17-го, оставив две мальтийские галеры, он направился к побережью Греции в надежде перехватить часть неприятельского флота. 21-го числа, находясь у островов Стривали, что к югу от Занте, вице-король услышал, что турки уже были на Занте и 50 их галер направились на юг. Все еще надеясь перехватить вражеские корабли, он повел флот к Цериго (Китира), куда прибыл 23 сентября. Было замечено несколько турецких кораблей, но большая часть флота находилась или в архипелаге, или под защитой орудий Модона. 1 октября вице-король отказался от дальнейших попыток и 7 октября вернулся в Мессину.
Не добившись успеха на Мальте, султан обратил свой взор на север и возобновил войну в Венгрии. В мае 1566 года он лично возглавил армию, но во время осады Сегеда (Сигета) умер. Его преемник, Селим II, продолжал войну с императором еще год, а потом, вознамерившись изгнать венецианцев с Кипра, согласился на восьмилетнее перемирие.