Большевики обиделись. 21 мая Лев Троцкий приказал арестовать в Москве руководителей Чехословацкого национального совета, а легион разоружить. Чехи разоружаться отказались. В ответ на это последовала телеграмма Троцкого:
«Всем Советам!
Настоящим приказывается незамедлительно разоружать чехословаков. Каждого вооружённого чехословака, обнаруженного вдоль железной дороги, следует расстреливать на месте; каждый воинский эшелон с обнаруженным в нём хотя бы одним вооруженным человеком подлежит выгрузке, а находящиеся в нём солдаты – интернированию в лагерь военнопленных. Военкомы на местах обязаны незамедлительно выполнить данный приказ; каждая задержка будет считаться изменой, приводящей виновника к суровому наказанию».
В свою очередь на эту телеграмму обиделись чехи и везде, где они находились, повернули штыки против красных: 26 мая, в субботу, они разоружили большевиков в Пензе; после Челябинска захватили Новониколаевск; в начале июня – Омск и Томск и отрезали голодную Москву от хлебной Сибири.
Но в один, казалось бы самый неподходящий, момент странным образом между союзниками возникли противоречия: французам хотелось, чтобы чехи плыли во Францию, а англичанам, интересы которых в России очень страдали, напротив, захотелось, чтобы чехи остались там, где они были. Вопрос решили сами чехи – они стремились домой, чтобы заняться обустройством своей маленькой красивой родины, поэтому легион из всех мест своей дислокации начал стягиваться к Сибирской железной дороге и двигаться во Владивосток – перспектива погибнуть на просторах обезумевшей Российской империи им не улыбалась. 7–8 июня вышедший из Пензы арьергард легиона под командованием полковника Чечека достиг Самары, молниеносно захватил её, разогнал красногвардейцев и расстрелял пятьдесят бывших венгерских военнопленных, вступивших добровольцами в большевистские интербригады, и власть в городе перешла к эсерам, тут же образовавшим своё правительство под названием КОМУЧ – Комитет членов Учредительного собрания, разогнанного Лениным ещё 19 января 1918 года.
18 июня 1918 года чехи заняли Красноярск.
5 июля – Уфу.
11 июля в Симбирске против большевиков восстал красный командир эсер Муравьёв.
2 августа англичане и американцы высадились в Архангельске.
7 августа чехами и белыми была занята Казань и отбит вывезенный из Петрограда подальше от немцев царский золотой запас.