Балтийский вокзал; Витебский вокзал; Ладожский вокзал; Московский вокзал; Финлядский вокзал.
Кроме них работают две сортировочные станции: Санкт-Петербург-Сортировочный – Московский и Шушары; две портовые станции: Автово, Новый порт.
Через город проходят: два евразийских автомобильных транспортных коридора «Север – Юг» и «Транссиб»; панъевропейский транспортный коридор № 9; европейская автомобильная трасса Е-18, связывающая Скандинавию с Центром России.
Чтобы снизить загруженность городских автомагистралей транзитным транспортом была построена Петербургская кольцевая дорога вокруг города. Основными автомобильными трассами, связывающими Санкт-Петербург с другими регионами, являются:
Приморское шоссе; Выборгское шоссе; Приозерское шоссе; Дорога жизни; Мурманское шоссе; Петрозаводское шоссе; Московское шоссе; Пулковское шоссе – Киевское шоссе; Таллинское шоссе; Петергофское шоссе.
Основной водной магистралью города является река Нева. Нева впадает в Невскую губу Финского залива, относящегося к Балтийскому морю. Наиболее значительны рукава дельты: Большая и Малая Нева, Большая, Средняя и Малая Невки, Фонтанка, Мойка, Екатерингофка, Крестовка, Карповка, Ждановка, Смоленка, Пряжка, Кронверкский пролив.
Основные притоки Невы в черте города: Ижора, Славянка, Мурзинка, Охта, Черная речка.
Каналы: Морской канал, Обводной канал, канал Грибоедова, Крюков канал.
Крупнейшими островами в дельте Невы являются: Васильевский, Петроградский, Крестовский, Декабристов. Крупнейшим островом в Финском заливе является Котлин.
Через водные объекты города перекинуто почти 800 мостов, не считая мостов на территориях промышленных предприятий, в том числе 218 пешеходных. В Петербурге насчитывается 342 моста, остальные располагаются в пригородах: Кронштадте, Пушкине, Петергофе, Павловске, Ломоносове. 22 моста разводные. Самый длинный мост – Большой Обуховский (вантовый) мост через Неву. Полная длина мостового перехода – 2824 м. Самый широкий мост (99,5 м) – Синий мост на реке Мойке.
По рекам и каналам развито малое судоходство. На территории Санкт-Петербурга находятся несколько портов:
Большой порт Санкт-Петербург, включающий пять бассейнов (Восточный, Барочный, Пассажирский, рейд Лесного мола и Угольную Гавань); Василеостровский грузовой порт; Кронштадский порт; порт Ломоносов.