Во многих случаях исторические предания находят фактические подтверждения. Так, в XVII веке при работах по проведению новых улиц разраставшейся Уфы было найдено много древних могильников, в которых находили золотые и серебряные монеты и вещи. В 1782 году при постройке домов в центре города было срыто до основания несколько курганов, в которых кроме костяков, оружия и монет, был найден конский прибор из чистого золота. Известно, что башкиры добывать и обрабатывать золото не умели.
В разные годы (1827, 1911, 1923, 1928) археологи находили множество древних памятников – бронзовые украшения, кольца, предметы из железа и бронзы, наконечники стрел, медные пряжки, а также глиняные черепки с орнаментом первобытной ручной работы.
Сенсационное археологическое открытые было сделано в 1953 году при раскопках городища, названного «Уфа-II». Городище было расположено в центре современной Уфы, на мысе, образованном двумя глубокими оврагами, на высоком правом берегу реки Белой. Глубина культурных слоев на городище достигает 4 м. По мощности и богатству культурный слоев оно не имеет себе равных во всем южноуральском регионе.
При выполнении археологических раскопок на городище была обнаружена стена, предположительно, крепостная, фрагменты дубовой мостовой, керамика, посуда, украшения, оружие и др. После посещения городища (октябрь 2010) Президент Башкортостана Рустэм Хамитов заявил, что возраст Уфы может быть официально увеличен до 1500 лет. Если это произойдет, то Уфа окажется вторым по древности городом в России после Дербента.
Предположительно, городище существовало в V–XVI веках и представляло собой крупный административный, торгово-ремесленный и культурный центр.
В 1573 году, после завершения добровольного вхождения основной части Башкирии в состав Русского государства, башкиры обратились к Ивану Грозному с челобитьем о строительстве на их земле крепости. В 1574 году на месте слияния рек Белая и Уфа была построена крепость Уфа, которая в 1586 году упоминается уже как город. Основной задачей города-крепости являлась оборона южных и восточных границ страны.
Присланный из Москвы воевода возглавил главное административное учреждение города – Уфимскую приказную избу и гарнизонное войско. После постройки городских стен и появлением посада, представлявшего собой торгово-промышленную часть, примыкавшую к крепости, находившийся в центре острог стал называться Кремлем.