В Маньчжурии Эйтингон провел ряд операций против провокаций китайских националистов, в защиту сотрудников Генконсульств и военных советников в зарождающемся Красном Китае. Когда началась Гражданская война в Испании, мир стал свидетелем нарастания экспансии фашизма и втягивания в новую мировую войну. Эйтингон в числе 12 сотрудников советской разведки с боевым опытом был направлен в Мадрид. Здесь он стал одним из руководителей операции по развертыванию боевых действий трехтысячной бригады разведывательно-диверсионного движения в тылу войск мятежного генерала Франко.
Будучи патриотом, Эйтингон вполне искренне считал злейшим врагом Советской России Льва Троцкого, создателя Четвертого интернационала. Эта международная организация ориентировалась не столько на мировую революцию, сколько на борьбу со страной Советов и всеми теми, кто ее поддерживал. Ликвидация Троцкого упредила появление коллаборационистского движения в канун нападения Германии на СССР и в ходе временной оккупации германскими войсками территории Союза.
Огромная заслуга Наума Эйтингона – в стремительной организации действенного сопротивления в тылу войскам вермахта. Неудачи первого периода начала войны на советско-германском фронте потребовали новых форм борьбы, таких как широкая сеть подполья, спецпартизанские отряды и масштабная активность разведывательно-диверсионных групп.
Как отмечал начальник 4-го управления (разведывательно-диверсионного) НКВД Павел Судоплатов, его заместитель Эйтингон был одним из результативных создателей и руководителей знаменитой Отдельной мотострелковой бригады особого назначения (ОМСБОН). А это два полка в 10 тыс. бойцов-добровольцев. Они провели в тылу врага более 2 тыс. операций. Из рядов бригады вышли более 20 Героев Советского Союза. А ее организаторы – Судоплатов и Эйтингон – еще в годы войны были удостоены награждения полководческим орденом Суворова.
Статистику боевых действий бригады (подпольщиков, партизан, разведчиков-диверсантов) приводит в своих воспоминаниях генерал Судоплатов: «уничтожили 157 тыс. немецких солдат и офицеров, ликвидировали 87 высокопоставленных немецких чиновников, разоблачили и обезвредили более 2000 агентурных групп противника…»
Активные действия широкого фронта партизанского движения и специфическая работа ОМСБОН предопределили полный срыв экономической политики Третьего рейха на временно оккупированной территории Союза.