Когда в 1353 году митрополит Феогност преставился, великий князь Московский Иоанн Иоаннович (1326–1359), принявший бразды правления после брата своего великого князя Симеона, по соборному постановлению избрал в митрополиты святого Алексия и послал его на посвящение в Константинополь. Патриарх Филофей поставил святого Алексия Митрополитом Киевским и всея Руси – в те времена Киевская митрополия еще оставалась формально главной в Русской Церкви, хотя на деле местопребыванием митрополитов Киевских была Москва. По возвращении из Константинополя святитель Алексий принял на себя управление Церковью Русской. При этом он не начал кичиться своим высоким положением и не оставил монашеских трудов и стал подвизаться еще усерднее, к одним подвигам прилагая другие, и был светильником для всех, подавая пример своей пастве словом, делом и жизнью, верой и чистотой, духом и любовью.
Слава о святителе Алексии распространилась не только среди христиан, но даже и среди не знавших Христа иноверцев-магометан. Так, в 1357 году вдова татарского хана Узбека и мать его сына, хана Джанибека, влиятельнейшая ханша Тайдула тяжело заболела, почти лишившись зрения; слыша, что Бог творит многие чудеса по молитвам святого Алексия, она уговорила своего сына послать к великому князю Московскому Димитрию Иоанновичу просьбу – прислать к ней этого человека Божия.
Когда это прошение Джанибека пришло в Москву, святой Алексий восскорбел сердцем, считая это делом выше своих сил: ведь он, по смирению своему, не считал себя достойным испрашивать у Господа чуда. Однако он понимал, что, если не выполнить просьбу хана, это может обернуться бедой для русской земли, которая тогда платила дань татарам; и потому святитель, возложив все упование свое на Господа, как привык делать всю свою жизнь, все-таки отправился к хану Джанибеку.
Прибыв в ставку Джанибека, святитель Алексий был с почетом встречен самим ханом и препровожден в покои вдовствующей ханши. После продолжительной молитвы святителя Тайдула прозрела. Хан со своими вельможами и все бывшие там весьма изумлялись этому дивному и славному чуду. Почтив Алексия и бывших с ним и щедро наградив их, Джанибек отпустил их с миром. Так было прославлено имя Господне среди неверных, а Русская земля избавлена от бедствий. На средства же, полученные от хана, святитель Алексий основал в Московском Кремле Чудов монастырь (к несчастью, разрушенный в 1929–1932 годы безбожной советской власти).