Возвратившись из Орды, святитель Алексий по прошествии некоторого времени принужден был снова отправиться в Орду. Хан Джанибек умер в 1357 году, и на ордынский престол вступил его жестокий и кровожадный сын Бердибек (правил 1357–1359). Убив своих двенадцать братьев, он хотел идти со своим войском на Русскую землю. Тогда, по просьбе великого князя Иоанна, святитель Алексий отправился в Орду к Бердибеку. Конечно, святитель понимал, что рискует жизнью, – не раз уже случалось не только духовным лицам, но и князьям не возвращаться из Орды… Но этот пастырь добрый не думал о себе – он беспокоился лишь о своей пастве, готовый, подобно Господу своему, положить душу свою за овец (Ин. 10, 15). И Господь не оставил Своего верного служителя: разумной беседой Алексий укротил ярость жестокого хана. Исходатайствовав пред грозным владыкой мир для христиан, святитель возвратился в Москву.
Когда скончался великий князь Иоанн, на плечи святителя пала опека над несовершеннолетним князем Московским Димитрием Иоанновичем. Он был душой советов и дел князя Димитрия; когда же пришло время Димитрию Иоанновичу на деле занять великокняжеский престол, святитель Алексий с радостью благословил питомца своего чудотворной Владимирской иконой Божией Матери. Трудами святителя росла и крепла власть великого князя Московского.
Не все князья, однако, желали признавать власть Москвы; и святителю Алексию пришлось немало потрудиться, дабы примирить строптивых властителей Русской земли и восстановить мир в родной стране. Мудрый святитель старался объединить все русские княжества в единый союз, который в будущем мог бы противостоять Орде и добиться независимости, – и это ему удалось. Можно с полным правом сказать, что именно святитель Московский Алексий, хотя и не призывавший никогда к «восстанию», «революции», стоял у истоков борьбы против татарского ига, переломным событием которой должна была стать битва на поле Куликовом в 1380 году, принесшая воспитаннику святителя, святому благоверному князю Димитрию, славу освободителя земли Русской и прозвище Донской.
Однако сам святитель не успел при земной жизни увидеть эту победу своего духовного сына. 12 февраля 1378 года, предузнав о своем скором отшествии к Господу, святитель совершил Божественную литургию и причастился Святых Христовых Таин. Затем, пожелав всем пребывать в мире, он воздал всем последнее целование и спокойно предал Господу свою праведную душу, будучи восьмидесяти пяти лет от роду, из которых двадцать четыре года он занимал первосвятительский престол. Тело его было с подобающею честью погребено в построенном им храме во имя Архистратига Михаила, в приделе Благовещения Пресвятой Богородицы.