Сторонники быстрого введения шариата ссылались на его большое морально-психологическое значение для населения, на его дисциплинирующую роль в армии. Вместе с тем нормальная работа шариатских судов в 1990-х годах в Чечне была крайне затруднена из-за слабости властных структур всех уровней. Реальная власть была сосредоточена в руках полевых командиров, которые превратили шариатские суды в средство политических манипуляций и взаимного сведения счетов. Руководители бандформирований, как правило, игнорировали обвинительные приговоры судов, выносимые в их адрес. Обострение противоречий между отдельными направлениями в традиционном местном исламе – сторонниками суфийских тарикатов (накшбандийского и кадирийского братств) – привело к размежеванию и в деятельности шариатских судов. Усилились столкновения между различными отрядами самой шариатской гвардии, остановить которые правительство А. Масхадова в 90-х годах оказалось бессильно. В конце концов обострение обстановки в 1999 г. привело к столкновению чеченского парламента и Верховного шариатского суда, что привело к созданию одновременно двух Шур (Государственных советов) и двух Высших шариатских судов, где на одну из соперничающих сторон заметно усилилось влияние салафитов.
В 1998 г. селения Кадарской зоны Дагестана попали под полный контроль дагестанских салафитов. Эта зона была объявлена «независимой исламской территорией», где стали действовать только законы шариата. Лидеры радикального исламского фундаментализма рассчитывали превратить этот район в качестве плацдарма для освобождения Дагестана, а затем и всего Кавказа от российского влияния. Кадарский плацдарм был ликвидирован только в 1999 г. во время второй кавказской войны усилиями не только российских войск, но и при активной поддержке местного населения. Как отмечал современный отечественный исследователь Д.М. Макаров, для населения Дагестана чеченская модель суверенизации и исламизации, сопровождавшаяся нарастанием социального и политического хаоса, отсутствием безопасности и развалом экономики, казалась все более пугающей и отталкивающей. Кроме того, этническая идентификация здесь явно возобладала над идеей исламской солидарности, поскольку поход чеченских салафитов на Дагестан был воспринят местными жителями как акт чеченской агрессии.