Актуальными проблемами остаются вопросы разработки и принятия концепции государственно-конфессиональных отношений, создания единого органа в области государственно-конфессиональных отношений в целях упорядочения и координации сотрудничества всех государственных ведомств, имеющих отношение к религиозным организациям. Политика на федеральном, региональном и муниципальном уровнях, а также в различных субъектах нашей страны осуществляется с учетом сложившейся этноконфессиональной ситуации. В то же время она часто отличается и осуществляется в меру компетентности тех или иных госслужащих в вопросах религии и государственно-конфессиональных отношений. Тем не менее можно согласиться с мнением, что современной России ближе кооперационная модель государственно-конфессиональных отношений, которая предполагает отношения приоритетного государственного партнерства с традиционными для российской цивилизации вероисповеданиями в условиях полноценной реализации конституционных принципов свободы совести и вероисповедания для всех религиозных объединений, не несущих угрозу государственному суверенитету, территориальной целостности, общественному порядку и безопасности [Вера. Этнос… 2009: 144].
Таким образом, исторический опыт функционирования различных моделей государственно-конфессиональных отношений в ХХ–ХХI вв. показал, что государство и религиозные институты – по сути своей разнородные начала, призванные действовать разными методами и в разных сферах. В дореволюционной России религии российских народов и государственная православная церковь наряду с другими компонентами являлись важнейшими государство- и нациеобразующими элементами, были неотъемлемой частью российской истории, культуры, менталитета. Эти элементы требуют к себе особого внимания и особого отношения. Их нельзя игнорировать, так как это может привести к напряжению в государственно-конфессиональных отношениях и – шире – во всем гражданском обществе. С другой стороны, признание за религией важной роли в духовной жизни не означает, что общество должно быть нацелено на всеобщую клерикализацию, на замену светских эталонов поведения религиозными. Правовая градация религий и конфессий может привести к межконфессиональному напряжению, всплеску этноконфессиональной нетерпимости. Представляется важным осуществлять удовлетворение разносторонних духовных потребностей человека, создать благоприятный морально-психологический климат в стране.