После строительства железной дороги и вокзала на станции Невель-1 в 1901 году город расширился в этом направлении. Мы больше нигде позднее 1864 года не нашли упоминания о кладбище рядом с церковью. Бовкало в своей работе «Невельский Спасо-Преображенский собор» говорит, что на пустом месте бывшего храма стоял лишь крестообразный каменный столп с иконой. Скорее всего, захоронения прекратились ещё в конце XIX века, в связи с разборкой храма, а пожар и время сравняли старые могилы.
Из этой же работы Бовкало мы узнали, что мысль настоятеля Невельского монастыря игумена Порфирия о воздвижении нового храма, после благословения епископа Полоцкого и Витебского Серафима в июне 1903 года начала осуществляться. Интересно то, как люди разных сословий и вероисповеданий в Невеле и уезде содействовали постройке церкви. «Местный предводитель дворянства граф С. К. Ламздор-Галаган и помещик Жуковский расположили крестьян Чернецовского прихода уступить свой старый храм, ещё прочный и пригодный (в этом приходе была незадолго до этого построена каменная церковь). Помощь оказала помещица Карташова. Содействия оказали не только православные: старообрядцы вывезли камни, инженер-католик сделал денежное пожертвование, а один из евреев взял на себя хлопоты, чтобы путём обмена с соседним владельцем расширить площадь для устройства храма». Здесь же мы находим и описание храма «Перенесённый храм имел вид креста. По сторонам наружного креста террасы вели в храм через боковые двери – летом это было удобно для многочисленных богомольцев, которые могли слушать богослужения через открытые двери». Далее Бовкало описывает торжество освещения храма, которое состоялось 26 сентября 1904 года. Это именно тот храм, который помнят старожилы нашего города, называя его церковью Святого Яна, и который мы видим на фотографии 1930 года. «…Церкви звонили, костёл, Успенский собор… По звуку можно было определить, откуда звонят – из церкви Святого Яна или откуда-то ещё», – из воспоминаний Марченко Станиславы Викентьевны. «…На службу и причащаться ходили в церковь Святого Яна» – из воспоминаний Кузнецовой Евгении Павловны. Эти воспоминания нам передала Стойкова Галина Леонидовна. До октябрьской революции 1917 года он действовал как православный храм, приписанный к монастырю. От Максимовской Людмилы Мироновны мы узнали, что до войны это был старообрядческий храм. Мы ознакомились с работой Елены Коваленко «Старообрядничество в Невельском районе» в «Невельском сборнике №14» и связались со старостой старообрядческой Поморской церкви Сергеевым Иваном Милентьевичем, который при встрече передал нам копии архивных документов, датированных 1919 годом. В своей работе Е. Коваленко пишет, что не удалось выяснить, что произошло со старообрядцами Невельщины во время революции и Гражданской войны. «Известно лишь, что в начале 20-х годов XX века на территории Невельского района осталось всего две общины: Невельская и Репищанская. Тогда же в Невеле духовным наставником стал Никифор Андреевич Савин». Изучая копии архивных документов, из первой части договора между гражданами гор. Невеля с Невельским Уездным Советом Рабочих и Крестьянских Депутатов в лице его полномочного представителя от Невельского Исполкома Ковалевского, мы выяснили, что после октябрьской революции 1917 года в рамках закона всё храмовое имущество было национализировано и передано Совету Рабочих и Крестьянских Депутатов, а в октябре 1919 года на определённых условиях передано Невельской старообрядческой общине. С этого времени храм стал называться Невельский Старообрядческий Храм Поморского Согласия. Жители же города по-прежнему его называли церковью Святого Яна. Сразу после передачи храма была произведена опись всего имущества и икон, в нём находящихся. Из работы Е. Коваленко мы узнали, что до 1942 или 1943 года старообрядцы Невеля вели службы в дониконианском Храме Святого Иоанна. «…Это был очень маленький храм, скорее напоминающий молельный дом.…