Каждое управление имело в своем составе отдел контрразведки (работавший по шпионам), отдел разведки (в сфере деятельности которого была и охрана границы), экономический отдел и так далее. 5-й отдел управления ГБ являлся «отделом по борьбе с контрреволюцией» и имел отделения: «по работе с духовенством», «по работе с интеллигенцией», но главным подразделением этого отдела, да и всего управления, было ОББ – отделение по борьбе с политическим бандитизмом и разведывательно-диверсионными группами, или, как бы сейчас сказали, «антитеррористический отдел».
ОББ состояло из 32 офицеров, задачей которых была борьба против контрреволюции: вооруженного антисоветского бандитизма, против засланных из-за «кордона» боевиков, а также – поимка бывших фашистских прислужников и карателей с «кровью на руках». Все эти тридцать два человека были оперативными работниками, и почти все из них отличались хорошей боевой подготовкой и фронтовой закалкой. Первым начальником 5-го отдела при Каунасском управлении ГБ был Мартавичус, за ним – Олейник, а ОББ руководил Беркович, и его на этой должности заменил я. В состав отделения входила специальная группа из семи человек, целенаправленно занимавшаяся поиском и задержанием бывших карателей, скрывшихся после освобождения Литвы от немцев на территории республики, и основным направлением моей работы вплоть до назначения на должность начальника отделения был именно поиск палачей-карателей и борьба с антисоветским подпольем, вражеской агентурой и парашютистами.
Для проведения боевых антипартизанских и прочих специальных операций конкретно нашему Каунасскому управлению НКВД был подчинен полк внутренних войск, которым после войны командовали полковники Попов и Павлов, а начальником штаба этого полка был подполковник Мархасин. В этом полку сразу после освобождения Литвы от немецкой оккупации служило много бывших партизан и бывших кадровых пограничников, люди с большим боевым опытом и хорошей подготовкой, так что части этого полка представляли собой серьезную боевую силу.
В Каунасе существовала также отдельная школа войск НКВД, готовившая солдатский и сержантский состав для погранчастей и маневренных групп по борьбе с бандитами.
Здесь обучали многим деталям «антипартизанской войны», начиная от ориентирования в ночном лесу и заканчивая организацией засад.