Джон выжил, но у него развилась не связанная с заболеванием опухоль мозга. Он страдал в течение нескольких лет – сначала потерял зрение, затем отказали ноги – и умер в 1846 году в возрасте 23 лет. Смерть была особенно тяжелой для отца Листера, Джозефа Джексона, который растерял весь энтузиазм к работе с микроскопом. Больше он к этому не вернется. Для Листера-младшего это был первый случай, когда он узрел пределы возможностей медицины – ведь в мире не было врача, который мог бы успешно оперировать опухоль мозга Джона в 1840-х годах.
Несмотря на явный ужас, с которым Листер встретил заболевание, его случай оказался легким, как и у его брата. Джозеф Листер довольно быстро выздоровел; на лице и руках у него не осталось шрамов. Однако столкновение со смертью взволновало его и оставило десятки вопросов о судьбе. Он более страстно обратился к религии. Друг и соратник Джон Ходжкин позже писал, что в душе у Листера происходил некий конфликт после выздоровления от оспы. Он перестал уделять столько внимания учебе в университете и задался вопросом: а правда ли его истинное призвание – хирургия, а не служение делу квакеров? Как проповедник, он может действительно изменить ситуацию. Медицина проявила бессилие в попытках спасти жизнь его брату. Возможно, квакеры были правы, доверяя целительной силе природы больше, чем науке.
Кризис мировоззрения достиг переломного момента как-то в среду вечером в разгар 1847 года, когда Листер и Ходжкин посетили собрание квакеров в Доме Собраний Друзей, расположенном на улице Грейсчерч недалеко от университетского кампуса. Ходжкин с удивлением наблюдал, как его друг встал во время безмолвного молитвенного собрания и процитировал отрывок из Библии: «Я буду с тобой и сохраню тебя: не бойся». Единственными квакерами, которым разрешалось выступать на собраниях, были министры. Цитируя Библию, Листер указывал членам общины (включая Ходжкина), что его жизненный путь, как ему казалось, ведет не в операционную, покрытую кровью и кишками, а за кафедру. Джозеф Джексон немедленно вмешался. Он не верил, что похвальное желание сына служить Господу будет наилучшим образом исполнено в стенах квакерской общины. Вместо этого он призвал Листера продолжать медицинские исследования и радовать Бога, помогая больным.