Святой старец стал заботиться в первую очередь о единстве церкви, обличая латинство и унию. Тем не менее Исидору удалось, пользуясь поддержкой папы Пия II, объявить святого Иону «нечестивым отступником» и посеять смуту, в первую очередь в Литве, где под властью польско-литовского короля-католика Казимира уния не прошла бесследно, как в Московской Руси. В 1458 году латинствующий патриарх Григорий, перенесший свою кафедру в Рим, посвятил в митрополиты на Литву ученика Исидора
Григория. В Москве этим сильно обеспокоились, поэтому в 1459 году собрали собор русских епископов, где определили на будущее время избирать митрополитов в Москве, по повелению великого князя и без сношения с греками. Здесь в первый раз упоминается о Московской церкви, в отличие от Киевской. Это означало, что последовало окончательное разделение Русской Церкви на две митрополии –
Московскую и
Киевскую.
Не помогла церковная уния и Византии. Прошли те времена, когда папы своим словом приводили в движение королей и целые народы. Да и в папской резиденции открывались всякие злоупотребления и коварства, в папы часто избирались лица слабые, лукавые и недостойные этого высокого сана. А в среде католического духовенства царила распущенность нравов, хотя в числе его представителей встречалось немало людей с самыми высокими нравственными качествами. Естественно, что после Флорентийской унии папе Евгению IV не удалось собрать крестового похода против турок. Единственное, что ему удалось, это побудить польского короля Владислава III к борьбе с турками. Отважный король, незадолго перед тем одержавший несколько побед над турками, надеялся на обещанную помощь итальянского флота, смело и быстро двинулся с небольшим польско-венгерским войском на турок. Но помощь не явилась, и 9 ноября 1444 г. в отчаянной битве под Варной христианское войско было разбито. Сам король погиб в этой битве.
Теперь судьба Константинополя весела на волоске. Со вступлением на престол султана Мехмеда II (1451–1481), которого турки прозвали Завоевателем, турки-османы начали решительное наступление на Константинополь Они построили крепость на азиатском берегу Босфора, и стали контролировать движение судов в проливах, соединяющих Средиземное и Черное моря. Новый византийский император Константан