И вот в один из выездов Василия на богомолье в Троицкий монастырь, в начале февраля 1446 г., Шемяка со своими сторонниками неожиданно захватил Москву и полонил жену и мать великого князя. А тем временем его союзник, князь Можайский, хитростью захватил Троицкий монастырь. Василий успел спрятаться в церкви, а затем вышел с иконой Сергия Радонежского, умоляя о милосердии и разрешении постричься в монахи. Милосердие ему было обещано, но Шемяка не сдержал слово. Василий на санях был отвезен в Москву, там его обвинили в поддержке татар, ослеплении Василия Косого, и затем по приказу Шемяки его ослепили (отсюда и прозвище князя – «Темный») и сослали вместе с женой и детьми в Углич.
Казалось, Шемяка мог праздновать победу, но сказалась неприязнь к нему москвичей: в Москве за его неправедные дела в судопроизводстве даже появилась поговорка «Шемякин суд». Кроме того, все татарские царевичи на русской службе были тоже на стороне Василия Темного, многие родовитые бояре сочувствовали ему, наконец, сам митрополит Иона был за возвращение престола Василию. И вот усилия сторонников великого князя дали свои плоды. Василий Темный, отправившись на очередное богомолье в Кирилло-Белозерский монастырь, сумел бежать оттуда в Тверь, где заручился поддержкой тверского князя. С помощью своих сторонников Василий в 1447 г. победоносно вернулся в Москву и занял по праву принадлежащий ему великокняжеский стол. Шемяка опять признал его превосходство и подписал так называемую «проклятую грамоту» на верность Василию Темному. Но едва вернувшись в Галич, опять начал плести заговоры против великого князя. Не помогло и увещевание духовенства. Тогда в 1450 г. княжеские войска изгнали Шемяку из его вотчины – Галича, и он бежал в Новгород – центр оппозиции великому князю, где и скончался в 1453 году (полагали, что он был отравлен по приказу Василия). Известие о его смерти было встречено с великой радостью как в Москве, так и по всей Русской земле.
После «Шемякиной смуты» Василий Темный, человек по своей натуре смирный и добрый, проявлявший смелость в бою и твердость в вере, но вероломство в политике, решил привести в порядок Великое княжество Московское. Он уничтожил почти все уделы в княжестве и окончательно утвердил порядок престолонаследия от отца к сыну