К несчастью для адмирала, подчиненные ему офицеры были людьми достаточно влиятельными в своей стране, которые добровольно отправились на Восток не только для того, чтобы послужить стране, но и с целью личного обогащения. Последующие действия Албукерки шли вразрез с их личными амбициями. Восстановив, как и обещал, власть султана, адмирал начал строительство большой крепости, используя местную рабочую силу и материалы. Эта операция должна была занять несколько месяцев. Он предполагал остаться на Ормузе до ее завершения. Желая во что бы то ни стало попасть в Индию и принять участие в прибыльных торговых сделках, пятеро из его капитанов воспротивились задержке, заявив, что строительство не входит в миссию Албукерки. Когда же он отказался отпустить их, трое из пяти воспользовались представившейся возможностью и дезертировали, взяв курс на Индию, когда их корабли были отправлены на соседний остров Ларек за водой, которой было очень мало на Ормузе. По воле случая, уходя с Ларека, они встретили крупный флот Персидского залива, который прибыл в этот район на помощь Ормузу еще месяцем раньше, но так и не подошел к острову. Заметив паруса португальских кораблей, флот ушел.
Предательство капитанов поставило Албукерки в безнадежное положение, потому что один из ренегатов сообщил султану об их разногласиях с адмиралом. Получив эту информацию и обнаружив, что теперь ему угрожают только три корабля, султан осмелел и наотрез отказался поставлять материалы для строительства. Понимая, что теперь у него нет власти, чтобы навязать султану свою волю, и не желая идти на риск, не имея надежды на успех, адмирал с большой неохотой снялся с якоря после осенней смены направления муссонов, чтобы проверить состояние форта и гарнизона на Сокотре. Но он обещал султану, что непременно вернется. На переходе его покинул, взяв курс на Индию, еще один корабль, и в распоряжении Албукерки, кроме флагманского корабля, остался еще только один. На Сокотре он провел зиму, выполнил необходимый ремонт оставшихся двух кораблей и пополнил запасы, а после прибытия еще двух кораблей из Португалии, дождавшись весеннего изменения направления муссонов, в 1509 году вернулся к Ормузу.
А тем временем события, оказавшие решающее влияние на будущее европейцев на Востоке, происходили на побережье Индостана. Албукерки о них в то время не знал, хотя именно из-за них какой-то период находился в смертельно опасном положении. Они явились результатом опасности, которую он предвидел с самого начала, а именно раздражения Ближнего и Среднего Востока вторжением португальцев в Индийский океан. Главным из недовольных был могущественный султан Египта, который поддерживал постоянную связь по этому поводу с мусульманским правителем в Камбея в Гуджарате, что на северо-западе Индии, еще одним яростным противником португальцев и компетентным правителем. Чтобы изгнать европейцев с Востока, египетский султан построил в Суэце специальный флот военных галер по образцам самых лучших военных кораблей во флотах средиземно-морских стран. Для постройки был использован особый дуб из Далмации, вооружены галеры были бронзовыми пушками, равными тем, что использовали португальцы, а их команды были превосходно обученными. Этот флот султан Египта отправил в сезон летних муссонов 1508 года под командованием эмира Хуссейна в порт Диу в Гуджарате с приказом соединиться с местной флотилией, которой командовал Меликаз