Перестроенная крепость вновь встала на защиту Копенгагена. И, как выяснилось, не зря: к этому моменту шведы стали предпринимать настойчивые осады датской столицы, стремясь покорить ее. На крепость выпала основная нагрузка по отражению враждебных нападений. Она долго с честью справлялась с этой трудной обязанностью, однако в 1530 г., при короле Фредерике I (1523–1533), крепость подверглась особенно тяжелой осаде: шведы предприняли отчаянный штурм крепости и со всех сторон забросали ее горящими стрелами, соломой, тлеющими вязанками хвороста и специальными зажигательными снарядами, стремясь выкурить из крепости ее защитников и сломить их дух. В крепости разразился страшный пожар, в результате которого она сгорела дотла. Когда пожар перестал бушевать и стало возможным разобрать завалы, выяснилось, что от творения архитекторов, создавших эту крепость по заказу Кристиана I, практически ничего не осталось – за исключением древнего фундамента, заложенного еще при Абсалоне и сумевшего выдержать все эти немыслимые испытания огнем.

Дворец Кристиансборг
Поскольку войны со шведами не прекращались, а денег в казне хронически не хватало, долгие двадцать лет крепость стояла в полном забвении, пугая жителей Копенгагена своим видом страшного пепелища. И лишь при короле Кристиане III (1534–1559) нашлись средства для ее восстановления. Крепость восстанавливали в течение почти пятнадцати лет. В результате она оказалась в два раза больше своей предшественницы и, соответственно, во столько же раз больше оригинальной крепости епископа Абсалона.
В 1630 г. Кристиан IV (1588–1648) увенчал входную башню крепости высоким шпилем, покрашенным в синий цвет, и превратил ее в королевскую тюрьму. В течение долгих лет Синяя башня наводила ужас на подданных короля и его врагов, наслышанных об исключительно тяжелом режиме содержания заключенных и мечтавших лишь о том, чтобы никогда не оказаться в ней. Копенгагенские матери пугали Синей башней своих детей, когда те себя плохо вели, и, говорят, это действовало очень эффективно.
Но в 1658 г. во время нового шведского нашествия крепость подверглась сильнейшей бомбардировке – как с суши, так и с моря, откуда по ней стреляли прямой наводкой орудия вражеских кораблей. В результате обстрела в крепости вспыхнул пожар, который затем вызвал взрыв порохового погреба. Стены и башни взлетели на воздух. Когда они упали вниз, то выяснилось, что от крепости осталась лишь груда битого камня и кирпича.