Вскоре и сама миссия оказалась под угрозой срыва. «Я боюсь, что нас хотят провести», – писал Чарторыйский Новосильцеву, который жаловался на несговорчивость англичан. Однако настаивал на продолжении переговоров в Лондоне, и, несмотря на глубокие противоречия и столкновения интересов Англии и России в Центральной Европе и на Балканах, в апреле 1805 года между Лондоном и Петербургом был заключен договор, положивший начало новой антинаполеоновской коалиции.
Внешнеполитический план, проникнутый идеей защиты национальных интересов России, далеко не у всех в окружении Александра I встречал одобрение. «Благосклонность ко мне императора, надо признаться, действительно могла подать повод к подозрению, злословию и наговорам, – вспоминал впоследствии Чарторыйский. – Поляк, пользующийся полным доверием императора и посвященный во все дела, представлял явление оскорбительное для закоренелых понятий и чувств русского общества». Князя заподозрили в тайном сочувствии Франции, в желании вовлечь молодого императора в переговоры с Бонапартом и, «так сказать, держать его под очарованием гения Наполеона». Петербургские светские салоны стремились очернить его, возложив на него ответственность за неудачи в европейской политике. Между тем Адам Адамович прекрасно понимал, что Наполеон представлял большую опасность для всех европейских держав, как могущественных, так и второстепенных: «Русские всегда подозревали меня в желании склонить русскую политику к тесной связи с Наполеоном, но я был далек от этой мысли, ибо для меня было очевидным, что всякое соглашение между этими двумя государствами было гибельным для интересов Польши».
Чарторыйский продолжал настаивать на своем плане по преодолению намерений Наполеона завоевать Центральную Европу и распространить агрессию на Польшу и Россию (тому есть свидетельства, рассеянные по разным архивам). Он бережно сохранял дипломатические связи с Сардинией. Налаживая контакты с другими итальянскими государствами, вел с ними активную переписку (уже на посту министра иностранных дел России). Им подготовлен ряд правительственных документов («Проект декларации России и Неаполитанского королевства – 1894 год», «О высадке в Неаполе русского войскового десанта в противовес интересам Бонапарта в 1805 году»), собрана и тщательно сохранена вся корреспонденция по итальянскому вопросу («Записка неустановленного неаполитанца о планах французов в Неаполитанском королевстве 1804 года», «Письмо Александра I королю Сардинии Виктору Эммануилу от