Вторая, проблемная, часть представленного документа состояла из 15 статей. В самом ее начале Завадовский подчеркнул, что является сторонником самодержавной власти, которая «должна существовать навсегда существенно и неограниченно». Вместе с тем для стабильного управления столь обширной державой, как Российская империя, в помощь правителю необходим верховный орган, каким может и должен быть Правительствующий сенат. Для этого на Сенат необходимо в полном объеме возложить исполнительные и судебные функции, оставив монарху лишь право помилования: «…должность Сената – предохранять прерогативы монарха, исполнять его волю, следить за осуществлением законов, обеспечить течение правосудия, пекшись о всякой пользе народной». Для поднятия авторитета Правительствующего сената автор проекта предлагал передать сенаторам право назначать чиновников на нижние и средние места, а также «избирать и представлять монарху на утверждение кандидатов на высшие должности губернаторов и президентов коллегий, кроме иностранной, военной и морской».
При анализе представленного проекта становится очевидным, что П.В. Завадовский стремился доказать необходимость контроля высшего аристократического органа, Правительствующего сената, над всеми сферами управления. Хотя он и не раз повторял, что является сторонником самодержавной власти, ряд положений предлагаемого проекта был очевидно направлен на ее ограничение. Так, в данном документе прямо указывалось, что один раз принятое решение становится обязательным для исполнения как Сенатом, так и монархом, причем в равной степени. При этом контроль над исполнением законов также возлагался на Сенат. По предложенному проекту значительно уменьшалась и роль генерал-прокурора, призванного контролировать деятельность Сената.
С учреждением в России министерств, как лучший знаток системы образования, граф П.В. Завадовский 8 сентября 1802 года был назначен министром народного просвещения. Под его руководством были разработаны и 24 января 1803 года обнародованы «Предварительные правила народного просвещения», установившие государственную систему образования в России. Эти «Правила» включали 48 статей, объединенных в три главы: «О заведении училищ», «О распоряжении училищ по учебной части», «О распоряжении училищ по хозяйственной части». «Правилами» была установлена структура и система образования в России: ее ступени, их взаимосвязь, содержание образования, состав материальной части и источники финансирования. Был закреплен центральный орган управления образованием – Министерство народного просвещения. В 1803 году было издано новое положение об устройстве учебных заведений. В основу системы образования были положены принципы бессословных учебных заведений, бесплатности обучения на низших его ступенях, преемственности учебных программ.