По предложению Завадовского все учебные заведения подразделялись на четыре ступени: одноклассные приходские училища, уездные училища с трехклассным обучением, гимназии и университеты. Согласно плану Российская империя была разделена на шесть учебных округов: Петербургский, Московский, Белорусско-Литовский, Дерптский, Казанский и Харьковский. Во главе каждого округа был поставлен университет с его ученой коллегией – советом и попечителем при нем. С университетом были преемственно связаны три ступени образовательных школ: гимназии с четырехлетним курсом, уездные училища с двухлетним курсом обучения и приходские училища с одногодичным курсом, возглавляемые попечителями. Всеми делами в учебном округе ведал университет через посредство ученого совета.
Университетский устав 1804 года предоставлял университетам значительную автономию: выборность ректора и профессуры, собственный суд, право назначать учителей в гимназии и училища своего округа. Основными академическими должностями являлись ординарные (читали основные университетские курсы) и экстраординарные профессора (читали дополнительные университетские курсы), которые по различию наук подразделяются на факультеты или отделения; адъюнкты, магистры (читали дополнительные университетские курсы), а также рядовые учителя языков, приятных искусств и гимнастических упражнений. Уставом определялось, что ректор университета избирается ежегодно общим собранием из ординарных профессоров и представляется Главным училищ правлением через министра народного просвещения на высочайшее утверждение. Одновременно с выборами ректора или проректора ежегодно каждое отделение или факультет общим собранием университета выбирали из числа заслуженных или ординарных профессоров своего старейшину или декана. Кроме всего прочего, при каждом университете создавалась типография с собственной цензурой для всех печатных изданий. Правда, пользоваться университетской библиотекой имели право только профессора и адъюнкты; студентам же это запрещалось. Одним из важнейших органов управления был университетский суд. В его задачи входило решать разногласия и ссоры между преподавателями университета в том случае, если не удается прекратить их миром. Ректор как председатель университетского правления при созыве университетского суда назначался на должность судьи.